De la matriz de caracteres al cladograma diagnosticadoFrom the character matrix to the diagnosed cladogram
Escribe tus caracteres con sus enunciados y sus estados, busca los árboles más parsimoniosos con ratchet y pesos implícitos, mira cada cambio dibujado sobre su rama, edita el cladograma con el ratón, mide el apoyo y resume con consensos. Todo dentro de tu navegador: sin instalar nada, sin servidor y sin que tus datos salgan de tu computadora.Write your characters with their statements and states, search for the most parsimonious trees with the ratchet and implied weights, see every change drawn on its branch, edit the cladogram with the mouse, measure support and summarise with consensus trees. All inside your browser: nothing to install, no server, and your data never leave your computer.
Cómo funcionaHow it works
La ruta es la de un estudio cladístico real, en el orden en que se hace. Cada bloque explica la idea, revisa si tus datos la sostienen y dice qué conviene hacer después.The route is that of a real cladistic study, in the order it is actually done. Each block explains the idea, checks whether your data can support it and says what to do next.
Pruébalo: dos laboratorios que calculan de verdadTry it: two labs that really compute
Nada de esto es una animación. Cada clic recalcula, con la misma optimización que la app usará con tu matriz, la longitud de todos los árboles posibles y dónde cae cada cambio.None of this is an animation. Every click recomputes, with the same optimization the app will use on your matrix, the length of every possible tree and where each change falls.
Cinco taxones y seis caracteres binarios. Con cinco taxones hay exactamente 15 árboles sin raíz posibles: la app los evalúa todos y los ordena de más corto a más largo. Haz clic en las celdas de la matriz para cambiarlas y en cualquier árbol para verlo con sus cambios.Five taxa and six binary characters. With five taxa there are exactly 15 possible unrooted trees: the app evaluates all of them and sorts them from shortest to longest. Click the cells of the matrix to change them and any tree to see it with its changes.
Un árbol fijo y un solo carácter. Cambia el estado de las puntas y compara las dos reconstrucciones más parsimoniosas con nombre: las ramas se pintan con el estado de cada tramo y las marcas dicen dónde cambia.A fixed tree and a single character. Change the states of the tips and compare the two named most parsimonious reconstructions: branches are painted with the state of each stretch and the marks say where it changes.
Los diez bloquesThe ten blocks
Un bloque es un paso del estudio y un capítulo del manual: el capítulo 5 explica el Bloque 5.A block is a step of the study and a chapter of the manual: chapter 5 explains Block 5.
Seis tipos de carácterSix kinds of character
La morfología no cabe en un solo modelo de cambio. Cada carácter declara el suyo, y la optimización y la búsqueda lo respetan.Morphology does not fit a single model of change. Each character declares its own, and the optimization and the search respect it.
Los métodos y de dónde vienenThe methods and where they come from
Cada método cita el artículo que lo define; la lista completa está al pie de esta página y el informe del Bloque 10 cita sólo los que hayas usado.Each method cites the paper that defines it; the full list is at the foot of this page and the report of Block 10 cites only those you used.
La teoría, en lenguaje llanoThe theory, in plain words
Diez ideas que sostienen todo lo demás. Cada una dice en qué bloque se usa.Ten ideas that hold up everything else. Each one says in which block it is used.
Qué tan grande puede ser tu matrizHow large your matrix can be
Medido en una computadora de escritorio con el mismo motor que corre en tu navegador: el tiempo de revisar todos los reordenamientos TBR de un árbol una vez. Una búsqueda repite esa ronda varias veces, y el ratchet, cientos.Measured on a desktop computer with the same engine that runs in your browser: the time to review every TBR rearrangement of a tree once. A search repeats that round several times, and the ratchet, hundreds.
Lo que este programa no haceWhat this program does not do
ReferenciasReferences
Cómo citarHow to cite
Si este programa te sirvió para un trabajo publicado, cítalo así:If this program helped with a published work, cite it as:
BibTeXBibTeX
Matriz de caracteresCharacter matrix
Codificar: taxones × caracteres, con el enunciado de cada carácter y el nombre de cada estadoCoding: taxa × characters, with the statement of each character and the name of each state
Abrir o crear una matrizOpen or create a matrix
Lee NEXUS, el formato xread de los programas clásicos de parsimonia y tablas (CSV, TSV o lo que pegues de una hoja de cálculo). Todo se queda en tu computadora; la sesión se guarda sola en este navegador.It reads NEXUS, the xread format of the classic parsimony programs and tables (CSV, TSV or whatever you paste from a spreadsheet). Everything stays on your computer; the session saves itself in this browser.
Ejemplos simuladosSimulated examples
Tus datosYour data
Todavía no hay una matrizThere is no matrix yet
Carga un ejemplo o tu archivo para empezar.Load an example or your file to start.
Resumen de la matrizMatrix summary
EditorEditor
Haz clic en una celda y escribe el estado (0–9, A–T), ? o -. Ctrl + número suma o quita un estado (polimorfismo). Intro abre la celda para escribir {01} o un valor como 2.1-3.4. Clic en el número de un carácter o en el nombre de un taxón selecciona la columna o la fila. Copia y pega con una hoja de cálculo.Click a cell and type the state (0–9, A–T), ? or -. Ctrl + digit adds or removes a state (polymorphism). Enter opens the cell to type {01} or a value such as 2.1-3.4. Clicking the number of a character or the name of a taxon selects the column or the row. Copy and paste with a spreadsheet.
Imágenes de los taxonesPictures of the taxa
Una foto o un dibujo de cada taxón, encuadrado como se verá junto a su nombre en los cladogramas (Bloques 5 y 10). Sólo se dibujan las que confirmes; se guardan en este navegador y viajan en el archivo de proyecto. Con varias a la vez, cada archivo se empareja con el taxón de su nombre.A photo or drawing of each taxon, framed as it will look beside its name in the cladograms (Blocks 5 and 10). Only the ones you confirm are drawn; they are kept in this browser and travel in the project file. With several at once, each file is matched with the taxon of its name.
Control de calidadQuality control
Lo que conviene revisar antes de buscar árboles. «Ir» te lleva a la celda, al carácter o al taxón.What is worth checking before searching for trees. «Go» takes you to the cell, the character or the taxon.
Lista de caracteresCharacter list
Como va en un artículo o en su material suplementario. El HTML incluye las imágenes de los estados que confirmaste.As it goes in a paper or its supplementary material. The HTML includes the pictures of the states you confirmed.
ExportarExport
NEXUS guarda todo (tipos, pesos, matrices de pasos, continuos y, en un bloque propio, el grupo externo y las dependencias). xread pone los continuos primero, como exige el formato. La tabla no guarda las matrices de pasos. El proyecto .json guarda además las imágenes.NEXUS keeps everything (types, weights, step matrices, continuous characters and, in a block of its own, the outgroup and the dependencies). xread puts the continuous characters first, as the format requires. The table does not keep step matrices. The .json project also keeps the pictures.
Búsqueda de árbolesTree search
Buscar los árboles que necesitan menos cambiosSearching for the trees that need fewest changes
Primero hace falta una matrizA matrix is needed first
Carga un ejemplo o tu archivo en el Bloque 2.Load an example or your file in Block 2.
Qué se va a analizarWhat will be analysed
Método y parámetrosMethod and parameters
RestriccionesConstraints
Obliga a que un grupo sea monofilético o prohíbe que lo sea. El Bloque 9 compara lo que cuesta cada hipótesis.Forces a group to be monophyletic or forbids it. Block 9 compares what each hypothesis costs.
Añadir un grupoAdd a group
Resultados de la búsquedaSearch results
ConvergenciaConvergence
Si muchas réplicas llegan a la misma longitud, es probable que sea el óptimo; si cada una termina en un valor distinto, conviene buscar más.If many replicates reach the same length, it is probably the optimum; if each ends at a different value, search more.
Árboles más cortosShortest trees
ÁrbolTree
Las marcas de cada cambio, la diagnosis de cada clado y la edición con el ratón están en el Bloque 5.The marks of every change, the diagnosis of each clade and mouse editing are in Block 5.
PesosWeighting
Dar menos peso a los caracteres más homoplásicosGiving less weight to the most homoplastic characters
Primero hace falta una matrizA matrix is needed first
Carga un ejemplo o tu archivo en el Bloque 2.Load an example or your file in Block 2.
Esquema de pesosWeighting scheme
La búsqueda usa el método, las réplicas, las restricciones y el trato de «–» y continuos del Bloque 3.The search uses the method, replicates, constraints and treatment of «–» and continuous characters of Block 3.
Resultados con pesosResults with weights
Cada carácter en la curva de pesosEvery character on the weight curve
ÁrbolTree
IteracionesIterations
Pesos por carácter (del más castigado al menos)Weights by character (most penalised first)
Qué clados aparecen con cada kWhich clades appear with each k
Cladograma y mapeoCladogram and mapping
Ver dónde ocurrió cada cambio y explorar el árbol con el ratónSeeing where each change happened and exploring the tree with the mouse
Qué árbolWhich tree
Pegar un árbol en NewickPaste a tree in Newick
El cladogramaThe cladogram
CladogramaCladogram
Diagnóstico de caracteresCharacter diagnosis
Qué hace cada carácter en los árboles y qué define a cada cladoWhat each character does on the trees and what defines each clade
Primero hace falta un árbolA tree is needed first
Busca árboles en el Bloque 3 (o carga una matriz con árboles) y elige uno en el Bloque 5.Search for trees in Block 3 (or load a matrix with trees) and choose one in Block 5.
ResumenSummary
Cada carácterEach character
Mín. y máx.: los pasos que el carácter necesita en el mejor y en el peor árbol posible. CI = mín./pasos; RI = (máx. − pasos)/(máx. − mín.). El ajuste es k/(k + h), con h los pasos extra: el peso que el carácter tendría bajo pesos implícitos.Min. and max.: the steps the character needs on the best and on the worst possible tree. CI = min./steps; RI = (max. − steps)/(max. − min.). The fit is k/(k + h), with h the extra steps: the weight the character would have under implied weights.
Diagnosis de cada cladoDiagnosis of each clade
Clados numeradosNumbered clades
La matriz ordenada por el árbolThe matrix ordered by the tree
Cada celda con el color de su estado. Con borde: el estado derivado de una sinapomorfía (un cambio único) en los taxones del clado que la tiene.Each cell in the colour of its state. With a border: the derived state of a synapomorphy (a unique change) in the taxa of the clade that has it.
Lo que cambia entre árbolesWhat changes among trees
Apoyo de ramasBranch support
Cuánto aguanta cada grupo: pasos para perderlo y remuestreoHow much each group withstands: steps to lose it and resampling
Primero hace falta una búsquedaA search is needed first
El apoyo se mide sobre los árboles más cortos: búscalos en el Bloque 3.Support is measured on the shortest trees: search for them in Block 3.
Sobre qué árbolOn which tree
Apoyo de BremerBremer support
Cuántos pasos más largo es el mejor árbol que no tiene el grupo (Bremer 1988). El relativo compara, carácter por carácter, lo que está a favor y en contra del grupo en ese árbol (Goloboff y Farris 2001).How many steps longer the best tree without the group is (Bremer 1988). The relative one compares, character by character, what is for and against the group on that tree (Goloboff and Farris 2001).
RemuestreoResampling
El apoyo de cada grupoThe support of each group
Árbol con el apoyoTree with the support
Consensos y comodinesConsensus and wildcards
Resumir muchos árboles en uno y encontrar los taxones que no se quedan quietosSummarizing many trees in one and finding the taxa that will not stay put
Primero hacen falta árbolesTrees are needed first
Busca árboles en el Bloque 3 o carga una matriz que los traiga.Search for trees in Block 3 or load a matrix that brings them.
Qué árbolesWhich trees
ConsensosConsensus trees
Los consensos, lado a ladoThe consensus trees, side by side
Taxones comodínWildcard taxa
Un comodín cambia de lugar entre los árboles igual de cortos y deshace el consenso. Se busca, uno por uno, el taxón cuya poda devuelve más clados al consenso estricto (consenso reducido).A wildcard changes place among the equally short trees and dissolves the consensus. The taxon whose pruning gives back most clades to the strict consensus is sought one at a time (reduced consensus).
HipótesisHypotheses
Cuánto cuesta un grupo propuesto y si los datos lo rechazanWhat a proposed group costs and whether the data reject it
Primero hace falta una búsquedaA search is needed first
Una hipótesis se compara con los árboles más cortos: búscalos en el Bloque 3.A hypothesis is compared with the shortest trees: search for them in Block 3.
La hipótesisThe hypothesis
Añadir un grupoAdd a group
Lo que dicen los datosWhat the data say
El árbol de la hipótesisThe tree of the hypothesis
Carácter por carácter: los que cambian de pasosCharacter by character: those that change their steps
Todas las hipótesis probadasEvery hypothesis tested
Figuras e informeFigures and report
La figura para publicar, los archivos para otros programas, los métodos redactados y todo en un paqueteThe figure to publish, the files for other programs, the methods written and everything in one package
Primero hace falta una matrizA matrix is needed first
El informe y las figuras salen de lo que se analizó: carga o escribe una matriz en el Bloque 2.The report and the figures come from what was analysed: load or type a matrix in Block 2.
Cladograma para publicarCladogram to publish
CladogramaCladogram
El estudio de figuras (botón junto al título) la exporta en PNG, SVG o PDF al tamaño y la resolución que pida la revista.The figure studio (button next to the title) exports it as PNG, SVG or PDF at the size and resolution the journal asks for.
Todas las figurasEvery figure
Las figuras que ya se dibujaron en los bloques, con los resultados vigentes. El SVG se guarda con los colores del tema claro.The figures already drawn in the blocks, with the current results. The SVG is saved with the colours of the light theme.
Árboles y matriz para otros programasTrees and matrix for other programs
Métodos redactadosMethods written
Sólo aparece lo que se corrió en esta sesión; las referencias son sólo las citadas. Conviene revisarlo y adaptarlo al estilo de la revista.Only what was run in this session appears; the references are only those cited. It should be revised and adapted to the style of the journal.
Paquete reproducibleReproducible package
Un ZIP con la matriz, los árboles, las figuras, las tablas y los métodos, con un índice que dice qué es cada archivo. Lo escribe la propia app, sin red.A ZIP with the matrix, the trees, the figures, the tables and the methods, with an index that says what each file is. The app writes it itself, offline.