Del conteo cromosómico al cariotipo publicableFrom the chromosome count to the publishable karyotype
Mide los cromosomas sobre tus fotomicrografías, arma el cariotipo y el idiograma, calcula los índices de asimetría, analiza la meiosis, estima la ploidía y el tamaño del genoma, registra bandas y señales de FISH, compara taxones y obtén figuras y métodos redactados. Todo dentro de tu navegador: sin instalar nada, sin servidor y sin que tus datos salgan de tu computadora.Measure the chromosomes on your micrographs, build the karyotype and the idiogram, compute the asymmetry indices, analyze meiosis, estimate ploidy and genome size, record bands and FISH signals, compare taxa and get figures and written methods. All inside your browser: nothing to install, no server, and your data never leave your computer.
Cómo funcionaHow it works
La ruta es la de un estudio citogenético real, en el orden en que se hace. Cada bloque explica la idea, revisa si tus datos la sostienen y dice qué conviene hacer después.The route is that of a real cytogenetic study, in the order it is actually done. Each block explains the idea, checks whether your data can support it and says what to do next.
Pruébalo: dos laboratorios que calculan de verdadTry it: two labs that really compute
Nada de esto es una animación. Cada cambio recalcula, con los mismos motores que la app usará con tus datos, el idiograma, la clase de cada cromosoma, los índices de asimetría y las configuraciones meióticas esperadas.None of this is an animation. Every change recomputes, with the same engines the app will use on your data, the idiogram, the class of each chromosome, the asymmetry indices and the expected meiotic configurations.
Arrastra los extremos de cada cromosoma (los círculos) o escribe la longitud de sus brazos (p, el corto; q, el largo). La clase de cada cromosoma (Levan et al. 1964) y los índices de asimetría se recalculan al instante; la cuadrícula de Stebbins (1971) muestra dónde cae el cariotipo.Drag the ends of each chromosome (the circles) or type the length of its arms (p, the short one; q, the long one). The class of each chromosome (Levan et al. 1964) and the asymmetry indices are recomputed at once; the Stebbins (1971) grid shows where the karyotype falls.
Elige el nivel de ploidía y su origen. Con un autopoliploide los homólogos se emparejan al azar y pueden formar multivalentes; con un alopoliploide cada cromosoma sólo se empareja con el de su propio genoma y se esperan bivalentes. La frecuencia de quiasma por brazo (c) decide cuántas configuraciones se abren.Choose the ploidy level and its origin. In an autopolyploid the homologs pair at random and may form multivalents; in an allopolyploid each chromosome pairs only with the one of its own genome and bivalents are expected. The chiasma frequency per arm (c) decides how many configurations open up.
Los diez bloquesThe ten blocks
Un bloque es un paso del estudio. Cada uno se abre con su botón en la barra de arriba o desde aquí.A block is a step of the study. Each one opens with its button in the bar above or from here.
Ejemplos incluidosIncluded examples
Cuatro conjuntos de datos simulados para recorrer la app sin datos propios. Los nombres de las especies son
reales, pero las medidas no son mediciones: se generaron con un guion que está en la carpeta data/.Four simulated data sets to go through the app without data of your own. The species names are
real, but the values are not measurements: they were generated by a script kept in the data/ folder.
Los métodos y de dónde vienenThe methods and where they come from
Cada método cita el trabajo que lo define; la lista completa está al pie de esta página y el informe del Bloque 10 cita sólo los que hayas usado.Each method cites the work that defines it; the full list is at the foot of this page and the report of Block 10 cites only those you used.
La teoría, en lenguaje llanoThe theory, in plain words
Las ideas que sostienen todo lo demás. Cada una dice en qué bloque se usa.The ideas that hold up everything else. Each one says in which block it is used.
Lo que este programa no haceWhat this program does not do
ReferenciasReferences
Cómo citarHow to cite
Si este programa te sirvió para un trabajo publicado, cítalo así:If this program helped with a published work, cite it as:
BibTeXBibTeX
Imágenes y mediciónImages and measurement
Calibrar, contar, trazar cada cromosoma y medir sus brazosCalibrate, count, trace every chromosome and measure its arms
Abrir imágenes, medidas o un proyectoOpen images, measurements or a project
Cada imagen abre una célula de la accesión elegida abajo. También puedes capturar las medidas a mano o pegarlas de una hoja de cálculo. Todo se queda en tu computadora; guarda el proyecto completo (con sus imágenes) con Ctrl + S.Each image opens a cell of the accession chosen below. You can also type the measurements by hand or paste them from a spreadsheet. Everything stays on your computer; save the whole project (with its images) with Ctrl + S.
Una fila por cromosoma, en micras. Con encabezados, la app reconoce las columnas por su nombre; sin ellos: p q (una célula nueva), cromosoma p q, célula cromosoma p q o accesión célula cromosoma p q [satélite] [brazo]. El separador puede ser tabulador, punto y coma o coma.One row per chromosome, in microns. With headers, the app recognizes the columns by name; without them: p q (a new cell), chromosome p q, cell chromosome p q or accession cell chromosome p q [satellite] [arm]. The separator can be tab, semicolon or comma.
Accesiones y célulasAccessions and cells
Una accesión es una muestra (población, colecta, variedad); sus células se promedian en el cariotipo. El número básico x sirve para la fórmula y la ploidía.An accession is a sample (population, collection, variety); its cells are averaged in the karyotype. The base number x is used for the formula and the ploidy.
Células de esta accesiónCells of this accession
Todavía no hay célulasThere are no cells yet
Abre una fotomicrografía, crea una célula sin imagen, pega tus medidas o abre el ejemplo del maíz.Open a micrograph, create a cell without an image, paste your measurements or open the maize example.
Medición sobre la imagenMeasuring on the image
Mediciones de la célulaMeasurements of the cell
Los cromosomas trazados se miden solos a lo largo de su curvatura. Los capturados a mano se editan aquí; también puedes pegar un bloque de celdas copiado de una hoja de cálculo sobre la primera celda. p es el brazo corto y q el largo, sin el satélite, que va en su propia columna.Traced chromosomes are measured by themselves along their curvature. Hand-typed ones are edited here; you can also paste a block of cells copied from a spreadsheet onto the first cell. p is the short arm and q the long one, without the satellite, which goes in its own column.
Resumen de las medicionesSummary of the measurements
CariotipoKaryotype
Homólogos, promedios, clasificación, fórmula e idiogramaHomologs, means, classification, formula and idiogram
Todavía no hay medicionesThere are no measurements yet
Mide al menos una célula en el Bloque 2, o abre el ejemplo del chayote, con cuatro accesiones.Measure at least one cell in Block 2, or open the chayote example, with four accessions.
Ajustes del cariotipoKaryotype settings
Emparejamiento de homólogosPairing of homologs
La app agrupa los cromosomas de cada célula por longitud e índice centromérico. Si un homólogo quedó en otro par, arrástralo sobre el cromosoma con el que debe intercambiarse, o selecciónalo y luego elige el otro. Un par corregido a mano queda así aunque cambies los ajustes.The app groups the chromosomes of each cell by length and centromeric index. If a homolog ended up in another pair, drag it onto the chromosome it should swap with, or select it and then choose the other. A pair corrected by hand stays so even if you change the settings.
Cariotipo de la accesiónKaryotype of the accession
IdiogramaIdiogram
IdiogramaIdiogram
Asimetría y parámetros cariológicosAsymmetry and karyological parameters
Los índices, qué mide cada uno y cuáles se recomiendanThe indices, what each one measures and which are recommended
Todavía no hay un cariotipoThere is no karyotype yet
Los índices se calculan con los cariotipos del Bloque 3. Mide células en el Bloque 2 o abre el ejemplo del chayote.The indices are computed from the karyotypes of Block 3. Measure cells in Block 2 or open the chayote example.
Cómo se calculanHow they are computed
A1 (Romero Zarco 1986) y A (Watanabe et al. 1999) se definieron sobre los pares de homólogos; MCA, CVCL y CVCI pueden calcularse con todos los cromosomas de cada célula. TF%, AsK% y Syi cambian muy poco de una manera a otra, pero no son idénticos: la media de los cocientes de cada célula no es el cociente de las medias. En las dos maneras, la longitud es la de un juego.A1 (Romero Zarco 1986) and A (Watanabe et al. 1999) were defined on homologous pairs; MCA, CVCL and CVCI can be computed with all the chromosomes of each cell. TF%, AsK% and Syi change very little from one way to the other, but they are not identical: the mean of the ratios of each cell is not the ratio of the means. Either way, the length is that of one set.
Índices por accesiónIndices by accession
Categorías de Stebbins y dispersiónStebbins categories and scatter
Cuadrícula de Stebbins (1971)Stebbins (1971) grid
Dispersión de dos índicesScatter of two indices
Peruzzi y Eroğlu (2013) proponen la dispersión MCA × CVCL: a la derecha, centrómeros más alejados del centro; arriba, longitudes más desiguales.Peruzzi and Eroğlu (2013) propose the MCA × CVCL scatter: to the right, centromeres farther from the middle; upwards, more unequal lengths.
Disimilitud entre cariotiposDissimilarity among karyotypes
La disimilitud de Gower (1971) entre dos accesiones: el promedio de sus diferencias en cada índice, cada una dividida entre el rango de ese índice en todas las accesiones (0 = iguales, 1 = lo más distintas posible). Es la medida con la que Peruzzi y Altınordu (2014) comparan cariotipos; el Bloque 8 la usa con más parámetros.Gower's (1971) dissimilarity between two accessions: the mean of their differences in each index, each divided by the range of that index over all accessions (0 = equal, 1 = as different as possible). It is the measure with which Peruzzi and Altınordu (2014) compare karyotypes; Block 8 uses it with more parameters.
Qué mide cada índiceWhat each index measures
Dos asimetrías distintas: intracromosómica (dónde está el centrómero) e intercromosómica (cuánto varían las longitudes). AsK% es 100 − TF%, Syi es función de TF%, CVCL es 100 · A2 y MCA es 100 · A: entre ellos, no añaden información. Hoy se recomienda describir un cariotipo con MCA y CVCL, más CVCI para la heterogeneidad de los centrómeros (Peruzzi y Eroğlu 2013; Zuo y Yuan 2011).Two different asymmetries: intrachromosomal (where the centromere is) and interchromosomal (how much the lengths vary). AsK% is 100 − TF%, Syi is a function of TF%, CVCL is 100 · A2 and MCA is 100 · A: among themselves they add no information. Today a karyotype is best described with MCA and CVCL, plus CVCI for the heterogeneity of the centromeres (Peruzzi and Eroğlu 2013; Zuo and Yuan 2011).
MeiosisMeiosis
Configuraciones, quiasmas, anormalidades, índice meiótico y polenConfigurations, chiasmata, abnormalities, meiotic index and pollen
AccesiónAccession
Cada tabla de este bloque guarda los datos de la accesión elegida. Escribe o pega una fila por célula (o por planta), o abre la serie poliploide de ejemplo.Each table of this block keeps the data of the chosen accession. Type or paste one row per cell (or per plant), or open the example polyploid series.
Configuraciones en diacinesis o metafase IConfigurations at diakinesis or metaphase I
Una fila por célula. Los quiasmas se estiman de las configuraciones (anillo 2, varilla 1, III 2, IV en cadena 3, IV en anillo 4…); si los contaste, escríbelos en la última columna y mandan.One row per cell. Chiasmata are estimated from the configurations (ring 2, rod 1, III 2, chain IV 3, ring IV 4…); if you counted them, type them in the last column and they prevail.
Configuraciones por célulaConfigurations per cell
¿Autopoliploide o alopoliploide?Autopolyploid or allopolyploid?
Lo observado se compara con lo esperado bajo cada hipótesis, escrita como fórmula genómica: AAAA es un autotetraploide (los cuatro homólogos se aparean al azar), AABB un alotetraploide (cada cromosoma sólo con el de su genoma). Lo esperado sale del apareamiento al azar de los extremos de los brazos y de un quiasma por brazo apareado con probabilidad c, estimada de los quiasmas observados.The observed is compared with the expected under each hypothesis, written as a genome formula: AAAA is an autotetraploid (the four homologs pair at random), AABB an allotetraploid (each chromosome only with the one of its genome). The expectation comes from random pairing of the arm ends and one chiasma per paired arm with probability c, estimated from the observed chiasmata.
Observado y esperado por célulaObserved and expected per cell
Anormalidades por faseAbnormalities by phase
Células anormales por fase (%)Abnormal cells by phase (%)
Tétradas e índice meióticoTetrads and meiotic index
Índice meiótico de Love (1951): el porcentaje de tétradas normales. Love consideraba citológicamente estable una planta con 90 o más.Love's (1951) meiotic index: the percentage of normal tetrads. Love considered a plant cytologically stable at 90 or more.
Viabilidad del polenPollen viability
Viabilidad del polen con su intervaloPollen viability with its interval
Ploidía y tamaño de genomaPloidy and genome size
Conteos, nivel de ploidía, citometría de flujo y prueba de AlliumCounts, ploidy level, flow cytometry and the Allium test
AccesiónAccession
Conteos cromosómicosChromosome counts
Una fila por célula contada. La moda es el número de la planta; las células con otro número suelen ser cromosomas perdidos o encimados al aplastar. Los conteos hechos con marcas en el Bloque 2 llegan aquí con su botón.One row per counted cell. The mode is the number of the plant; cells with another number are usually chromosomes lost or overlapping in the squash. Counts made with marks in Block 2 arrive here with its button.
Frecuencia de los números contadosFrequency of the numbers counted
Todas las accesionesAll accessions
Número básico, series euploides y disploidíaBase number, euploid series and dysploidy
Números básicos de uso frecuente, editables; verifícalos en las bases de conteos cromosómicos (Rice et al. 2015) para tu grupo. Elige uno para ponerlo en la accesión.Base numbers in frequent use, editable; check them in the chromosome counts databases (Rice et al. 2015) for your group. Pick one to set it in the accession.
Citometría de flujo: tamaño del genomaFlow cytometry: genome size
2C de la muestra = (pico G0/G1 de la muestra ÷ pico G0/G1 del patrón interno) × 2C del patrón. 1Cx = 2C ÷ nivel de ploidía (Greilhuber et al. 2005); 1 pg = 978 Mpb (Doležel et al. 2003). Un pico confiable tiene un CV menor de 3–5 %.Sample 2C = (G0/G1 peak of the sample ÷ G0/G1 peak of the internal standard) × 2C of the standard. 1Cx = 2C ÷ ploidy level (Greilhuber et al. 2005); 1 pg = 978 Mbp (Doležel et al. 2003). A reliable peak has a CV below 3–5 %.
Histograma del citómetroHistogram of the cytometer
Abre un CSV exportado del citómetro: dos columnas (canal y número de núcleos) o una columna con la intensidad de cada evento. La app busca los picos y pone una compuerta en cada uno; corrígelas a mano si hace falta.Open a CSV exported from the cytometer: two columns (channel and number of nuclei) or one column with the intensity of each event. The app finds the peaks and sets a gate on each; correct them by hand if needed.
Histograma de fluorescenciaFluorescence histogram
Conversión de unidadesUnit conversion
Mitosis y citotoxicidad (prueba de Allium)Mitosis and cytotoxicity (Allium test)
Una fila por bulbo (o raíz): células en interfase, en cada fase y con cada aberración (contadas dentro de las que se dividen), y micronúcleos en interfase. Índice mitótico = células en división ÷ células observadas; índice de aberraciones = células aberrantes ÷ células en división (Fiskesjö 1985; Leme y Marin-Morales 2009).One row per bulb (or root): cells in interphase, in each phase and with each aberration (counted among the dividing ones), and micronuclei in interphase. Mitotic index = dividing cells ÷ cells observed; aberration index = aberrant cells ÷ dividing cells (Fiskesjö 1985; Leme and Marin-Morales 2009).
Índices mitótico y de aberracionesMitotic and aberration indices
Bandeo y FISHBanding and FISH
Bandas, fluorocromos y sondas sobre el idiogramaBands, fluorochromes and probes on the idiogram
Accesión y sondasAccession and probes
Cada señal se registra por su par (con la numeración del cariotipo del Bloque 3), su brazo y su posición relativa: la fracción del brazo desde el centrómero (0) hasta el telómero (1). Una señal en un solo homólogo es un heteromorfismo. Las señales con una célula anotada sirven para medir la concordancia entre células.Each signal is recorded by its pair (numbered as in the karyotype of Block 3), its arm and its relative position: the fraction of the arm from the centromere (0) to the telomere (1). A signal on one homolog only is a heteromorphism. Signals with a cell noted serve to measure the concordance among cells.
Sondas y bandasProbes and bands
SeñalesSignals
Idiograma con bandas y señalesIdiogram with bands and signals
Esta accesión no tiene cariotipo: el idiograma necesita las mediciones del Bloque 2.This accession has no karyotype: the idiogram needs the measurements of Block 2.
Mapa físico de un cromosomaPhysical map of one chromosome
Mapa físicoPhysical map
Patrón de la accesiónPattern of the accession
Concordancia entre célulasConcordance among cells
Todas las accesionesAll accessions
Comparación entre taxonesComparison among taxa
Distancias, agrupamiento, ACP, evolución del número y citotiposDistances, clustering, PCA, number evolution and cytotypes
Matriz de parámetros cariológicosMatrix of karyological parameters
Cada accesión aporta lo que tenga calculado en los bloques anteriores (2n, x, longitud de un juego, índices de asimetría, 2C, sitios de cada sonda). Puedes sumar taxones publicados o de otros estudios en la tabla de abajo. Elige las variables que entran al análisis; Peruzzi y Altınordu (2014) proponen 2n, x, la longitud haploide, MCA, CVCL y CVCI.Each accession brings whatever was computed in the previous blocks (2n, x, length of one set, asymmetry indices, 2C, sites of each probe). You can add published taxa or taxa of other studies in the table below. Choose the variables that enter the analysis; Peruzzi and Altınordu (2014) propose 2n, x, the haploid length, MCA, CVCL and CVCI.
Otros taxonesOther taxa
Distancias y agrupamientoDistances and clustering
DendrogramaDendrogram
Componentes principalesPrincipal components
BiplotBiplot
Idiogramas en paraleloParallel idiograms
IdiogramasIdiograms
Evolución del número cromosómicoChromosome number evolution
Pega o abre un árbol en Newick (por ejemplo, el que exportan PhylogenyPro o CladisticsPro de esta suite). La parsimonia reconstruye los números de los antepasados con el menor costo de eventos: +1 y −1 (disploidía), ×2 (poliploidía) y ×1.5 (demiploidía). Cambia los costos para ver qué tan firme es la reconstrucción.Paste or open a tree in Newick (for example, the one PhylogenyPro or CladisticsPro of this suite export). Parsimony reconstructs the numbers of the ancestors with the lowest cost of events: +1 and −1 (dysploidy), ×2 (polyploidy) and ×1.5 (demiploidy). Change the costs to see how firm the reconstruction is.
Números de las puntasNumbers of the tips
Árbol con los números reconstruidosTree with the reconstructed numbers
Mapa de citotiposMap of cytotypes
Las accesiones y los taxones con coordenadas, coloreados por su número 2n, sobre una retícula de latitud y longitud. Puedes cargar un contorno propio en GeoJSON (un estado, una cuenca); la app no trae mapas de otros.The accessions and taxa with coordinates, colored by their 2n, on a grid of latitude and longitude. You can load an outline of your own in GeoJSON (a state, a basin); the app brings no maps of others.
CitotiposCytotypes
DocenciaTeaching
Simuladores, ejercicios, autoevaluación, glosario y prácticasSimulators, exercises, self-assessment, glossary and practicals
Mitosis y meiosis paso a pasoMitosis and meiosis step by step
Elige la división y el número de pares. Azul: cromosomas del padre; bermellón: de la madre. En cada paso, cuenta las células, los cromosomas y las cromátidas antes de mirar la respuesta.Choose the division and the number of pairs. Blue: chromosomes from the father; vermilion: from the mother. In each step, count the cells, chromosomes and chromatids before looking at the answer.
CélulaCell
del padrefrom the father de la madrefrom the mother
Ver lo que hay que contarSee what to count
Ejercicio: arma el cariotipoExercise: build the karyotype
Una metafase simulada de un cariotipo inventado al azar. Los recortes de abajo están enderezados y a la misma escala que la imagen. Junta los homólogos dándoles el mismo número, numera los pares del más largo (1) al más corto y clasifica cada cromosoma según Levan et al. (1964). Después, revisa.A simulated metaphase of a karyotype made up at random. The cut-outs below are straightened and at the same scale as the image. Join the homologs by giving them the same number, number the pairs from the longest (1) to the shortest and classify each chromosome after Levan et al. (1964). Then check.
MetafaseMetaphase
RecortesCut-outs
Al revisar, el borde verde marca un recorte bien resuelto; el ámbar, un par o un tipo equivocado, y el ámbar punteado, un par bien formado al que le toca otro número.When checked, a green border marks a cut-out solved right; an amber one, a wrong pair or type; and a dashed amber one, a well-formed pair that takes another number.
AutoevaluaciónSelf-assessment
Preguntas de opción múltiple con su explicación; algunas tienen números nuevos cada vez.Multiple-choice questions with their explanation; some have new numbers each time.
Glosario ilustradoIllustrated glossary
Hoja de práctica: cromosomas en puntas de raízPractical sheet: chromosomes in root tips
Elige el pretratamiento, la hidrólisis y la tinción; la hoja se arma con los tiempos y temperaturas de los protocolos citados, las medidas de seguridad y una tabla para anotar. Ningún reactivo lleva marca.Choose the pretreatment, the hydrolysis and the stain; the sheet is assembled with the times and temperatures of the cited protocols, the safety measures and a table to take notes. No reagent carries a brand.
Figuras e informeFigures and report
Figuras, tablas, métodos redactados, informe y paquete reproducibleFigures, tables, written methods, report and reproducible package
Informe del proyectoProject report
El informe reúne el resumen de cada accesión, los métodos redactados con sus referencias, las tablas de resultados y las figuras marcadas abajo. Se imprime (o se guarda como PDF desde el diálogo de impresión) o se descarga como una página HTML que se abre sin conexión. El paquete .zip añade el proyecto, todas las tablas en CSV y todas las figuras en SVG y PNG, para que otra persona repita el análisis.The report gathers the summary of each accession, the written methods with their references, the result tables and the figures checked below. It is printed (or saved as PDF from the print dialog) or downloaded as an HTML page that opens offline. The .zip package adds the project, every table in CSV and every figure in SVG and PNG, so that someone else can repeat the analysis.
FigurasFigures
Todas las figuras del proyecto con los ajustes de sus bloques. Cada una se descarga en SVG o PNG y se edita con el estudio de figuras (el botón de lápiz y regla) o con el editor ✎. Las marcadas entran al informe.Every figure of the project with the settings of its blocks. Each one downloads as SVG or PNG and is edited with the figure studio (the pencil-and-ruler button) or with the editor ✎. The checked ones go into the report.
TablasTables
Los datos y los resultados, listos para una hoja de cálculo o un programa de estadística (separador coma en CSV, tabulador en TSV; punto decimal).The data and the results, ready for a spreadsheet or a statistics program (comma separator in CSV, tab in TSV; decimal point).
Métodos redactadosWritten methods
Un borrador de la sección de métodos con lo que tiene el proyecto, con las fuentes citadas por autor y año. Revísalo y complétalo con lo que la app no sabe (material de campo, microscopio, número de plantas).A draft of the methods section with what the project has, citing the sources by author and year. Check it and complete it with what the app does not know (field material, microscope, number of plants).