I.1¿Qué es PalynoPro?

Es un programa de morfometría polínica cuantitativa que corre en el navegador, sin instalar nada. Toma una carpeta de micrografías electrónicas de barrido y devuelve, para cada grano, su tamaño, su forma y su ornamentación medidos con el mismo criterio, y para cada grupo, si su polen se distingue del de los demás.

Está pensado para comparar grupos —morfotipos, variedades, poblaciones, especies cercanas— por su polen, y para la docencia de la palinología. Calibra cada imagen con la magnificación del microscopio y la comprueba contra la barra de escala impresa en la propia foto; separa el grano del fondo y lee su contorno en 720 direcciones; quita las espinas para medir el cuerpo; cuenta y mide las espinas del contorno; encuentra los lúmenes del retículo y mide la textura de la superficie; estima la proporción de granos colapsados en las fotos panorámicas; y compara los grupos con pruebas por variable, componentes principales, PERMANOVA, análisis discriminante y bosque aleatorio. Al final redacta un informe con los métodos, los cuadros y las figuras.

Todo se calcula con motores escritos desde cero para este programa, sin bibliotecas de otros, y cada método cita el trabajo que lo define: en la portada de la app, en las notas de cada bloque y en los métodos del informe.

I.2Preguntas que responde

Una buena manera de saber si el programa te sirve es ver qué preguntas contesta, y en qué bloque.

I.3Seis ideas que sostienen el manual

Todo lo que sigue descansa en seis ideas. Si te quedas con ellas, buena parte de los errores que se cometen al medir polen en fotografías ya no son posibles.

1. El tamaño del píxel depende del ancho con que se guardó la foto. La magnificación se refiere a un cuadro de referencia: el campo mide ese ancho entre la magnificación, y el píxel, ese campo entre los píxeles de ancho de la imagen. A la misma magnificación, una foto de 1280 px tiene píxeles del doble que una de 2560 px. Por eso el Bloque 2 calcula el píxel de cada foto y lo comprueba contra su barra de escala.
2. Una barra de escala sirve para comprobar, no sólo para adornar. Su largo en píxeles por el tamaño del píxel debe dar una longitud redonda: 10, 20 o 50 µm. Si no la da, algo está mal —una magnificación mal escrita, otro ancho de referencia— y la foto se marca.
3. El tamaño es el del cuerpo, sin la ornamentación. Las espinas cambian el contorno pero no el grano. La app lee el contorno como la distancia del centro al borde en 720 direcciones, recorta los picos más angostos que la base de una espina y mide lo que queda.
4. Lo que se ve es una proyección. Una micrografía muestra la silueta y la cara del grano que mira al detector. Los diámetros de Feret equivalen a los ejes polar y ecuatorial sólo en vista ecuatorial, y las espinas que se cuentan son las del contorno, no todas las de la superficie.
5. El grano es la unidad, no la foto. Un mismo grano suele fotografiarse más de una vez. Si cada foto contara como un grano, las pruebas creerían tener más datos de los que hay y la validación clasificaría una foto con ayuda de su gemela. La app promedia las fotos de cada grano y valida dejando fuera el grano completo.
6. La forma no es la viabilidad. Un grano colapsado pierde solidez, y eso permite comparar grupos en las panorámicas. Pero es una aproximación morfológica: para afirmar que el polen es viable hace falta una tinción o una prueba de germinación.

I.4Datos que acepta y qué entrega

El punto de partida es una carpeta de micrografías, con o sin los archivos que las acompañan. Los demás bloques trabajan sobre lo que ya se leyó: no piden tablas aparte.

I.5Qué necesitas y cómo abrirlo

Sólo un navegador moderno, en una versión de los últimos años. No hace falta instalar nada ni tener internet; el programa entero cabe en una carpeta.

1. Doble clic en index.html. Es lo más sencillo y funciona igual que todo lo demás: los cálculos y el ejemplo están dentro del programa.
2. O doble clic en Open PalynoPro.bat. Abre un servidor local mínimo en el puerto 9940 y la app en http://localhost:9940. Sólo hace falta para abrirla desde otro equipo o una tableta de la misma red; el archivo server.ps1 explica cómo.

Las preferencias —el idioma y el tema claro u oscuro— se guardan en el propio navegador y se recuerdan la siguiente vez. Los datos no: cada vez que abres la app empieza vacía. Para retomar un estudio está el proyecto .json, que guarda los ajustes, la lista de imágenes con sus grupos, su calibración y sus exclusiones, y los resultados de los bloques 3 a 5 (los del Bloque 6 no se guardan: al abrir el proyecto se repiten, iguales, con un clic). Si intentas cerrar la pestaña con datos sin guardar, la app te lo advierte.

I.6Recorrido por la interfaz

Todas las aplicaciones de la suite comparten la misma barra, la misma navegación y las mismas herramientas de figuras, así que lo que aprendas aquí te sirve en las demás.

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• 1Nombre de la app y su lema. El nombre lleva a la portada (Bloque 1).
• 2LABG Suite. Vuelve al portal con las demás aplicaciones.
• 3ES · EN. Cambia el idioma de toda la interfaz, también el de las figuras.
• 4Tema y atajos. El sol cambia entre el tema claro y el oscuro; el signo de interrogación abre la lista de atajos de teclado (tecla ?).
• 5La barra de los siete bloques. El número se vuelve una palomita cuando el bloque ya tiene un resultado, y arriba se cuenta cuántos van (3/7 en la figura).
• 6La ruta. La app, el bloque y la sección en la que estás.
• 7Documento · Enfocado. Todas las secciones del bloque una tras otra, o una sola a la vez; el botón de al lado contrae o expande todas las secciones.
• 8Buscar (Ctrl + K). Un bloque, una sección, un control o una figura, por su nombre.
• 9En este bloque. Las secciones del bloque abierto; la actual va resaltada.
• 10El título del bloque, con su número y lo que hace en una línea.
• 11Cómo se mide. Un desplegable que explica, en lenguaje llano, lo que calcula el bloque.
• 12Una tarjeta. Cada sección es una tarjeta con sus controles arriba y sus resultados abajo.
• 13Buscar, Modo enfocado y Ayuda, también al pie de la barra de bloques.

Navegar sin perderse

Al pie de cada bloque dos botones llevan al anterior y al siguiente. Cuando cambias un control y los resultados se recalculan más abajo, aparece un botón flotante que te regresa al control que tocaste, y otro para volver arriba. Los cálculos largos —medir todas las fotos, contar en las panorámicas, comparar los grupos— muestran una ventana de espera con su avance. Casi todo se puede hacer también desde el teclado:

La revisión sobre la imagen

Los bloques 3, 4 y 5 terminan con una tarjeta de revisión: la foto con lo que la app midió dibujado encima, para que veas en cada grano si el contorno, el cuerpo y las espinas son los que tú habrías marcado. Cada capa se enciende o se apaga con su casilla, y una foto mal medida se excluye con un botón.

Las figuras

Todas las figuras de la app se pueden abrir en el estudio de figuras, una ventana común a la suite donde se cambian los textos, el tamaño de la letra, la leyenda y los colores sin tocar los datos, y se exporta a los anchos y resoluciones de las revistas. Junto a cada figura, el botón ✎ abre el editor de la figura. Los botones SVG y PNG de cada figura, y el informe, escriben siempre los colores del tema claro, aunque estés trabajando en el oscuro. El capítulo 7 lo explica a fondo.

I.7El ejemplo simulado

Para aprender sin imágenes propias, la app trae un ejemplo simulado: tres morfotipos de polen equinado y reticulado que el propio programa dibuja, cada vez que se abre, a partir de parámetros conocidos. No son fotografías de ninguna planta. Se abre con Probar con el ejemplo simulado en la portada o con Ejemplo simulado en el Bloque 2, y la app avisa que es simulado.

Cada morfotipo tiene ocho granos. Cada grano se dibuja en una foto de 1280 × 960 px a 1000 aumentos (0.1 µm por píxel), con su ruido, su barra de escala y su rótulo, como lo haría un microscopio; los granos 3 y 6 de cada morfotipo se fotografían dos veces, como pasa en un estudio real. Además, cada morfotipo tiene una panorámica a 150 aumentos con catorce granos, algunos de ellos colapsados. En total: 30 fotos de un grano, que son 24 granos, y 3 panorámicas.

Como se sabe con qué se dibujó cada grano, el ejemplo sirve también para ver qué tan bien mide la app. El morfotipo B, por ejemplo, se dibuja con un cuerpo de unos 68 µm de diámetro y la app mide 67.93 µm de media en sus ocho granos. Los nombres de las fotos siguen la forma 01_A.png: el número del grano y, tras el guion bajo, el grupo; las fotos repetidas llevan una letra (03a_A.png) y las panorámicas el número 90 (90_A.png).

I.8Cómo se recorre un estudio

Los bloques están en el orden de un estudio palinológico real. No hace falta pasar por todos: si no tienes panorámicas, el Bloque 5 se salta. La sección Cómo funciona de la portada lo resume en siete pasos.

1. Abrir y calibrar (Bloque 2). Abre la carpeta, revisa que el grupo y el grano de cada foto se leyeron bien, que todas están calibradas y que ninguna barra es dudosa; marca qué fotos son panorámicas y excluye las que no sirvan.
2. Medir (Bloques 3 y 4). Un solo botón mide todas las fotos de un grano: el contorno, el cuerpo, las espinas, los lúmenes y la textura salen de la misma pasada. Revisa cada foto sobre la imagen.
3. Contar (Bloque 5). En las panorámicas, la proporción de granos turgentes y colapsados de cada grupo.
4. Comparar (Bloque 6). Las pruebas por variable, los componentes principales, la PERMANOVA y los dos clasificadores, con el grano como unidad.
5. Publicar (Bloque 7). El informe con los métodos, los cuadros, las figuras y un grano medido por grupo.

I.9Cómo se comprobó

Un programa de medición vale lo que valen sus números. Los motores de PalynoPro se comprobaron de dos maneras independientes, y ninguna de las dos usa las fotos de nadie: granos dibujados por el propio programa, cuya verdad se conoce, y cálculos estadísticos repetidos aparte.

• Imagen. Sesenta fotos de un grano —redondos y alargados, de 14 a 40 espinas, con espinas de 1.2 a 3.2 µm y mallas de 1.8 a 3.4 µm, en dos anchos de imagen y con cualquier giro— y doce panorámicas con granos colapsados se midieron igual que en la app. Las 60 barras de escala dieron longitudes redondas; el diámetro del cuerpo se desvió 0.20 % en la mediana; el número de espinas salió exacto en las 60 fotos; se encontraron los 141 granos de las panorámicas y ningún grano turgente se tomó por colapsado.
• Estadística. Treinta conjuntos de datos simulados se calcularon con la app y, aparte, con un entorno estadístico libre independiente, número por número.

Las pruebas también dicen dónde la app se queda corta, y quedó escrito. La altura de las espinas sale algo menor que la dibujada —cerca de un píxel, un 4 % en la mediana—, porque la punta más fina del cono no alcanza a llenar un píxel; el diámetro del lumen es proporcional a la malla del retículo, pero no igual, porque el lumen es sólo la parte oscura de cada celda; y el umbral de solidez por omisión es conservador: reconoce la mayoría de los granos colapsados sin confundir los sanos. Los capítulos lo dicen donde importa.

I.10Lo que el programa no hace

Saber dónde termina una herramienta es tan útil como saber qué hace. La portada de la app lo dice en Lo que este programa no hace:

1.1La portada

Es lo primero que ves al abrir la app, y también lo que aparece cada vez que haces clic en el nombre PalynoPro de la barra superior o en el bloque Inicio de la barra de la izquierda.

Arriba va el rótulo Palinología cuantitativa y el lema de la app, De la micrografía electrónica a la clave polínica, el mismo de la portada de este manual. Debajo, un párrafo resume todo lo que hace el programa, y a la derecha un grano simulado equinado y reticulado muestra lo que la app dibuja sobre cada foto: el contorno del cuerpo (línea discontinua), las puntas de algunas espinas (círculos) y el diámetro que mide (la cota de abajo).

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• 1El lema. Con el rótulo Palinología cuantitativa encima y el párrafo de presentación debajo.
• 2Abrir mis imágenes →. Lleva al Bloque 2, donde se elige la carpeta. No abre todavía ningún diálogo de archivos.
• 3Probar con el ejemplo simulado. Abre el Bloque 2 y dibuja allí el ejemplo (I.7): 33 imágenes de tres morfotipos simulados.
• 4Ver cómo mide. Baja, en esta misma página, al laboratorio de la sección 1.3.
• 5Abrir un proyecto. Pide un .json guardado antes por la app (lo mismo que Ctrl + O) y, al abrirlo, lleva al Bloque 2. Si el proyecto ya tenía granos medidos, el aviso recuerda que los resultados del Bloque 6 no se guardan y se repiten, iguales, con Comparar los grupos (capítulo 7).
• 6Las cuatro insignias. Funciona completo en tu navegador, Tus imágenes no salen de tu computadora, Motores comprobados de forma independiente y Español e inglés.
• 7El grano de la portada. Un dibujo hecho por la app, no una fotografía; lo que lleva encima es lo mismo que verás en la revisión de cada foto del Bloque 3.

Al bajar por la portada aparecen, en este orden, las secciones que siguen en este capítulo. La lista En este bloque de la derecha las nombra todas, y un clic lleva a cada una.

1.2Cómo funciona: los siete pasos

Cómo funciona pone en una tira los siete pasos de un estudio palinológico, en el orden en que se hacen, cada uno con su rótulo y lo que produce (la figura I.6 de la introducción la muestra completa):

Los dos primeros pasos ocurren en el mismo bloque, y los pasos 3 y 4 salen de una sola pasada de medición (la que se lanza en el Bloque 3). El paso 5 es opcional: sólo tiene sentido si fotografiaste panorámicas, a pocos aumentos, con muchos granos en cada foto.

1.3Pruébalo: así mide un grano

Antes de confiar en un programa que mide, conviene verlo medir algo cuya respuesta se conoce. El laboratorio dibuja un grano simulado con los valores que elijas y lo mide al instante con los mismos motores que la app usa con tus fotos.

Cinco deslizadores fijan el grano que se dibuja; cada vez que mueves uno, el grano se dibuja otra vez y se vuelve a medir:

Los seis mosaicos

Cada mosaico pone arriba lo que midió la app y abajo lo que se dibujó. Con los valores por omisión la app da:

El cuerpo del grano por omisión no es un círculo: con una elongación de 1.06, su diámetro mayor dibujado es de 68.0 µm y el menor de 64.1 µm, y su diámetro del cuerpo —el del círculo de igual área, la media geométrica de los dos ejes— es de 66.0 µm. Eso es lo que la app llama diámetro del cuerpo en todos los bloques: un solo número que resume el tamaño aunque el grano sea algo alargado.

Debajo de las dos figuras, un renglón de estado lo dice con palabras. Con los valores por omisión: «El cuerpo medido difiere del dibujado en 0.08 % y se encontraron 26 de las 26 espinas dibujadas», y sigue con una nota sobre la altura de las espinas: «se pierde cerca de un píxel de altura (aquí 0.161 µm), unos 3 a 6 % en espinas de muchos píxeles y más si la espina es corta o las espinas se tocan en la base. Se informa en los métodos.» (abajo).

Las dos figuras

El grano simulado y lo que se midió es la micrografía simulada, en grises, con su barra de escala y su rótulo abajo como los pondría un microscopio, y encima lo que encontró la app. Perfil radial: contorno, cuerpo y espinas es la misma información desenrollada: en el eje horizontal, la dirección desde el centro del grano (de 0 a 360°); en el vertical, el radio en micrómetros. La línea naranja es el contorno con espinas, cada pico es una espina (punto rojo) y la línea discontinua azul es el cuerpo que queda al recortar los picos. Las dos ondas anchas del cuerpo son la elongación: en un grano alargado el radio crece y decrece dos veces por vuelta.

Un grano chico, alargado y muy espinoso

Mueve los deslizadores para ver dónde la medición se pone a prueba. La figura 1.3 muestra un grano de 40 µm, con elongación 1.30, 40 espinas de 3.5 µm y una malla de 4.0 µm.

Hay tres cosas que aprender de las dos figuras, y las tres reaparecen con tus fotos:

1. El tamaño y el número de espinas salen casi exactos. En los dos granos el cuerpo difiere menos de 1 % de lo dibujado y se encuentran todas las espinas.
2. La altura de espina sale algo menor que la dibujada. La punta más fina del cono no alcanza a llenar un píxel, así que el borde de la imagen termina un poco antes que la espina. La app mide cada espina de su punta a la cuerda que une sus dos pies, y lo que se pierde es cerca de un píxel de altura: con los valores por omisión, la altura medida es 5.7 % menor (2.08 contra 2.20 µm, con píxeles de 0.161 µm). En el grano de la figura 1.3 la pérdida es de 6.8 % (3.28 contra 3.52 µm): sus 40 espinas casi se tocan en la base, que es justo el caso en que el renglón de estado avisa que la diferencia crece. Las pruebas de validación del programa dan una mediana de 3.9 % por debajo, entre 2.9 y 5.7 % en nueve de cada diez granos. El sesgo es parecido en todos los granos medidos con el mismo píxel, así que no estorba para comparar grupos, pero no tomes la altura como absoluta.
3. El lumen no es la malla. La malla es la distancia de un muro a otro; el lumen es sólo la parte oscura de cada celda, sin el muro. Por eso el lumen mediano sale cerca de la mitad de la malla (1.49 µm con malla de 2.6 µm; 2.30 µm con malla de 4.0 µm). Lo que importa es que crece con ella: sirve para comparar retículos, no para reportar la malla.

El grano del laboratorio se dibuja siempre con la misma semilla, en una imagen de 800 × 600 px, y con la magnificación que hace que el grano ocupe algo más de la mitad del campo. Por eso los mismos valores dan siempre los mismos números, y la barra de escala sale redonda (10.01 µm en la figura 1.2, 9.98 µm en la 1.3).

1.4Los bloques

Los bloques pone una tarjeta por cada uno de los bloques 2 a 7, con su número, un pequeño dibujo, su etiqueta, su nombre y lo que hace. Un clic en la tarjeta abre el bloque, igual que su botón en la barra de la izquierda. Los bloques que necesitan imágenes o resultados previos lo dicen al abrirlos y llevan al bloque que falta.

1.5El polen bajo el microscopio electrónico

El polen bajo el microscopio electrónico, en lenguaje llano reúne, en seis temas desplegables, las ideas que sostienen las medidas. Cada tema lleva a la derecha el bloque donde se usa; el primero viene abierto y los demás se abren con un clic en su título.

La introducción (I.3) convierte estas ideas en seis reglas, y cada capítulo las aplica donde toca. Si sólo vas a leer un tema antes de abrir tus fotos, lee el de la calibración: es el error que más encoge o agranda granos sin que nadie lo note.

1.6Los métodos y de dónde vienen

Catorce tarjetas nombran los métodos que usa el programa, cada una con su familia y la obra que lo define. Todos están escritos desde cero para la app; la cita dice de dónde viene la idea, no de dónde viene el código.

Cada capítulo explica el método en el lugar donde se usa, y el informe del Bloque 7 escribe los que intervinieron en tu análisis con sus parámetros y sus citas.

1.7Lo que este programa no hace

Seis tarjetas dicen dónde termina la herramienta. La introducción (I.10) ya las reúne en una tabla; aquí va lo que cada límite significa al planear un estudio.

• No reconstruye el grano en 3D. Todo sale de la silueta y de la cara que mira al detector. Las espinas del Bloque 4 son las del contorno: un grano con 26 espinas en la silueta tiene muchas más en su superficie. Para comparar grupos basta, siempre que todos se midan igual.
• No adivina la vista del grano. Feret mayor y menor son los ejes polar (P) y ecuatorial (E) sólo si el grano está en vista ecuatorial. Si tu descripción necesita P/E, fotografía vistas orientadas y trátalas como grupos distintos, o anota la vista en la columna nota del índice.
• No lee el número de la barra. La app encuentra la barra y la mide, pero no lee el «10 µm» escrito junto a ella: comprueba que su largo dé una longitud redonda (capítulo 2). Si la barra de una foto no es redonda por diseño, mídela a mano en el visor del Bloque 2.
• No sustituye una prueba de viabilidad. La proporción de colapsados del Bloque 5 compara grupos por su forma; para afirmar que el polen es viable hace falta una tinción o una prueba de germinación.
• No mide el grosor de la pared. La exina, el téctum y la nexina se miden en cortes o con microscopía de transmisión, no en una imagen de superficie.
• No sube tus imágenes. Todo se calcula en tu computadora; el proyecto guarda referencias a los archivos, no los archivos (I.5).

1.8Referencias y cómo citar

Referencias lista, en orden alfabético, las 22 obras que citan los métodos y los textos de la app: las de los métodos de la sección 1.6 y, además, Borgefors (1986), por la transformada de distancia con que el Bloque 4 cuenta la densidad de lúmenes lejos del borde del grano; Cohen (1960), por el coeficiente κ con que el Bloque 6 resume el acierto de los clasificadores; Erdtman (1952), Halbritter et al. (2018) y Punt et al. (2007), por la terminología palinológica; y McArdle y Anderson (2001), por la PERMANOVA. El apéndice F las reproduce completas, agrupadas por tema.

Al final de la portada, Cómo citar da la cita del programa lista para pegarse, y el botón Copiar la cita la copia al portapapeles (la app confirma con «Cita copiada»). En la interfaz inglesa la cita sale en inglés. Debajo, al pie de la portada, el enlace Manual de usuario (en español) abre este manual (en la interfaz inglesa, User’s manual abre la edición inglesa).

El DOI de la cita es el de concepto de Zenodo, que siempre lleva a la versión más reciente. Cita la versión con la que trabajaste —la que dice la cita de tu copia—, porque los resultados pueden cambiar entre versiones. Junto al programa, cita los métodos que usaste: el texto de métodos del Bloque 7 ya trae sus referencias.

2.1Abrir una carpeta o el ejemplo

El bloque se presenta con su subtítulo, Abre una carpeta, revisa los grupos y comprueba la calibración de cada foto., un desplegable que lo explica en dos párrafos y una sola tarjeta: la zona donde se sueltan las imágenes.

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• 1Qué hace este bloque. Resume los formatos que lee, el índice, la clave de grupos (con ejemplos como A = Morfotipo A) y la comprobación con la barra.
• 2Elegir una carpeta. Abre el diálogo del sistema para elegir una carpeta entera, con sus subcarpetas.
• 3Elegir archivos. Para elegir archivos sueltos: imágenes, sus .txt, un índice .csv o una clave.
• 4Ejemplo simulado. Dibuja el ejemplo de la introducción (I.7). Si hay imágenes tuyas abiertas, pregunta antes de reemplazarlas.
• 5Vaciar. Quita todas las imágenes y los resultados, después de confirmar «¿Quitar todas las imágenes y resultados?».

También puedes arrastrar la carpeta, o un puñado de archivos, desde el explorador de tu sistema hasta la zona punteada de Arrastra aquí una carpeta o tus imágenes. Nada se sube a ningún lado: los archivos se leen en tu computadora, y cada imagen se lee completa una sola vez —para saber su tamaño, buscar su barra de escala y hacer una miniatura— y otra vez sólo cuando se mide.

Lo que la app reconoce en la carpeta

No hace falta separar nada: la app clasifica cada archivo por su extensión y por su nombre.

El índice

Las columnas se reconocen por su nombre, en español o en inglés, sin importar mayúsculas ni acentos, y el separador puede ser coma, punto y coma o tabulador. Cada fila se une a su imagen por el nombre del archivo, con o sin extensión.

La clave de grupos

Sirve para dar a cada código de grupo un nombre legible, que luego aparece en tablas, figuras e informe. Por ejemplo, un archivo clave.txt con estas dos líneas:

El código es una sola palabra de letras y dígitos, como los que se leen de los nombres de archivo: A, G1, P12 o 7 sirven, y también uno de hasta ocho caracteres con guion o guion bajo en medio (norte-2). Lo que va después del = o de los dos puntos es el nombre. Si prefieres no hacer un archivo aparte, escribe los nombres en la tarjeta Grupos (2.4) o en la columna nombre del índice.

El mensaje de lectura

Al terminar, un mensaje bajo los botones dice lo que se leyó: cuántas imágenes, cuántos archivos del microscopio, el nombre del índice y cuántos nombres de grupo trajo la clave; y, si alguna imagen no se pudo leer, su nombre y la razón. Con el ejemplo, el mensaje avisa que es simulado: «tres morfotipos dibujados por la app con parámetros conocidos (no son fotos de plantas reales). Algunos granos se fotografiaron dos veces, como en un estudio real.» Debajo aparecen las cinco tarjetas que siguen.

2.2El resumen y sus avisos

Resumen es la tarjeta que conviene mirar primero: seis mosaicos y, debajo, los avisos que la app haya encontrado. La figura I.5 de la introducción lo muestra con el ejemplo recién abierto.

Los avisos

Debajo de los mosaicos la app escribe un aviso por cada cosa que encontró. Con el ejemplo sólo aparece el verde: «Las 33 barras encontradas dan longitudes redondas: la calibración es coherente.»

Una barra dudosa no saca a la foto del análisis: la app la sigue midiendo con la calibración que tiene, porque no puede saber cuál de las dos —la magnificación o la barra— está mal. Eso lo decides tú. Al volver a escribir 1000, el aviso desaparece.

2.3Calibración y lectura de nombres

Tres ajustes que valen para todas las imágenes, y que no se aplican hasta que pulsas Aplicar.

Ancho del cuadro de referencia (mm)

La magnificación que escribe un microscopio electrónico se refiere a un cuadro de referencia de ancho fijo: el campo fotografiado mide ese ancho dividido entre la magnificación. El tamaño del píxel es ese campo dividido entre el ancho en píxeles de la imagen tal como se guardó:

El valor por omisión, 128 mm, es el de muchos equipos (los que dejan archivos de texto con líneas $CM_MAG). En el ejemplo: 128 × 1000 ÷ (1000 × 1280) = 0.1 µm por píxel en las fotos de un grano, y 128 × 1000 ÷ (150 × 1280) = 0.66667 µm en las panorámicas. Si tu equipo usa otro cuadro, el aviso de barras dudosas saldrá en casi todas las fotos a la vez y en la misma proporción: es la señal de que hay que cambiar este número. Un valor vacío o no positivo vuelve a 128.

La comprobación con la barra de escala

Al leer cada imagen, la app busca su barra en la quinta parte de abajo: una franja de píxeles casi blancos, de al menos 2 % y a lo más 45 % del ancho de la foto, que se repite con el mismo inicio y el mismo largo (±2 px) en al menos tres renglones seguidos, y que está casi toda llena. Si hay varias, toma la más larga. Su largo en píxeles por el tamaño del píxel debe dar una longitud redonda: 1, 2 o 5 por una potencia de diez (1, 2, 5, 10, 20, 50, 100 µm…), con una tolerancia de 4 %.

La barra también dice dónde empieza el rótulo del microscopio —la franja de abajo con la barra, el voltaje y los demás datos—: la app corta la foto unos renglones arriba de la barra, para que ni la barra ni las letras se tomen por parte del grano. Si no hay barra, corta en una franja oscura al pie, si la hay. El visor (2.6) dibuja ese corte.

Píxel del análisis (µm)

Antes de medir, todas las fotos de un grano se llevan al mismo tamaño de píxel, remuestreando por áreas (Wolberg, 1990). Así la textura, los lúmenes y las espinas se miden con la misma finura en fotos tomadas a distinta resolución. Vacío —lo normal— quiere decir automático: el percentil 90 del tamaño de píxel de las fotos de un grano incluidas, redondeado a dos cifras, de modo que casi ninguna tenga que ampliarse. La ayuda de abajo dice cuál resultó: vacío = automático: 0.1 µm en el ejemplo, donde todas las fotos de un grano tienen el mismo píxel. Las fotos que tengan menos resolución que el píxel del análisis se amplían, y el Bloque 3 las marca. Las panorámicas no se llevan a este píxel: el Bloque 5 las cuenta con su propio píxel (reducidas, si pasan de 1600 px de ancho).

Escribe un valor sólo si quieres fijarlo —por ejemplo, para comparar dos estudios con el mismo píxel—. Un píxel más fino que el de tus fotos no agrega detalle: sólo amplía.

Patrón del nombre (grupo y grano)

Si no hay índice, el grupo y el grano de cada foto se leen de su nombre (sin la extensión) con una expresión regular que tiene dos partes con nombre, (?<grain>…) para el grano y (?<group>…) para el grupo. La que trae la app es:

Se lee así: al principio, uno o más dígitos (el grano); luego, letras opcionales (la que distingue una segunda foto del mismo grano); un guion bajo; y letras seguidas de dígitos opcionales (el grupo). Con ella, 01_A es el grano 01 del grupo A, y 03a_A es otra foto del mismo grano 03. La línea Así se leen los primeros nombres lo comprueba en vivo con las tres primeras imágenes mientras escribes: en el ejemplo, «01_A → grupo A, grano 01 · 02_A → grupo A, grano 02 · 03_A → grupo A, grano 03».

Al pulsar Aplicar, la app comprueba que el patrón sea una expresión válida (si no, lo dice y no cambia nada); si el patrón cambió, vuelve a leer con él el grupo y el grano de las fotos; recalcula la calibración de todas con el ancho de referencia, vuelve a clasificar los tipos de foto y confirma con «Calibración aplicada». Todo lo que se haya medido en los bloques 3 a 6 se borra, porque dependía de lo anterior.

2.4Grupos

Una fila por grupo, con su código y su color —el mismo que tendrá en todas las figuras—, un campo Nombre y dos conteos sin las fotos excluidas: Imágenes (todas) y Granos (en las fotos de un grano).

El nombre se usa en las tablas, las figuras y el informe en lugar del código; si lo dejas vacío, se usa el código. Viene de la clave de grupos, de la columna nombre del índice o, en el ejemplo, de la propia app («Morfotipo A (simulado)»). Cambiarlo no borra ningún resultado: sólo cambia cómo se rotula.

El código, en cambio, se cambia en la tabla de imágenes, foto por foto (2.5). Un grupo existe mientras alguna foto lo tenga.

2.5La tabla de imágenes

Una fila por imagen, con lo que la app leyó y calculó de ella, y los campos que puedes corregir. Arriba, siete filtros eligen qué filas se ven: Todas, Un grano, Panorámicas, Detalle, Barra dudosa, Sin calibrar y Excluidas.

Los tres tipos de foto

La app propone el tipo de cada foto comparando su magnificación con la mediana de todas: si es de 0.6 veces la mediana o menos, es panorámica (muchos granos, para el Bloque 5); si es de 1.8 veces o más, es de detalle (un acercamiento a la superficie); lo demás es un grano (para los bloques 3 y 4). En el ejemplo la mediana es 1000×, y las tres fotos a 150× son panorámicas. El Bloque 3 mide sólo las fotos de un grano y el Bloque 5 cuenta sólo las panorámicas; las de detalle se conservan y se ven en el visor, pero no se miden. Si la propuesta no es la correcta, cambia el tipo con el menú: tu elección se respeta aunque después pulses Aplicar.

Corregir y excluir

Cualquier cambio en el grupo, el grano, la magnificación, el tipo o la exclusión de una foto borra lo que se haya medido en los bloques 3 a 6, porque ya no corresponde; su palomita en la barra se apaga hasta que vuelvas a medir. Por eso conviene dejar este bloque en orden antes de pasar al siguiente. Excluye una foto cuando no deba contar —desenfocada, con el grano cortado por el borde, con dos granos encimados—; una foto sin calibrar queda fuera por sí sola hasta que tenga tamaño de píxel.

Descargar el índice (CSV)

Guarda la tabla completa como palynopro_indice.csv, con las columnas archivo, grupo, nombre, grano, magnificacion, ancho_px, um_por_px, fuente, barra_px, barra_um, nivel, excluir y nota. Es un buen registro de cómo se calibró cada foto, para el material suplementario de un artículo, y también un índice que la app vuelve a leer: corrígelo en una hoja de cálculo, ponlo en la carpeta de las fotos y ábrela otra vez. Las columnas fuente y nivel se escriben con las palabras de la interfaz (con la interfaz en español, magnificación, un grano, panorámica, detalle), y al releer el índice la app entiende el nivel en cualquiera de los dos idiomas.

2.6El visor y la barra medida a mano

El visor muestra la foto elegida, en grises y a lo más 1200 px de ancho, con dos marcas encima, y a su derecha los datos que la app sabe de ella. Al abrir el bloque muestra la primera imagen.

1 2 3 4 5 6 7

• 1← Anterior. La foto anterior de las que deja ver el filtro de la tabla; de la primera salta a la última.
• 2Posición. El lugar de la foto entre las filas visibles (1 / 33).
• 3Siguiente →. La foto siguiente; de la última vuelve a la primera.
• 4Medir la barra a mano. Calibra la foto con dos clics sobre su barra (abajo).
• 5La leyenda. barra detectada: el rectángulo amarillo; inicio del rótulo (lo de abajo no se analiza): la línea roja discontinua.
• 6Los datos de la foto. Archivo, Grupo · grano (con el nombre del grupo), Tamaño, Magnificación, Tamaño del píxel (con su fuente) y Campo.
• 7Barra de escala. Su largo en píxeles, lo que mide y el veredicto: redonda o se esperaba.

Para 01_A.png los datos son: 1280 × 960 px, 1000×, 0.1 µm (magnificación), un campo de 128 × 96 µm y una barra de «100 px = 10 µm (redonda: 10 µm)». Si el archivo del microscopio los trae, se agregan el Voltaje, la Distancia de trabajo y la Fecha, y la Nota del índice. Cuando la app sustituyó el tamaño del píxel de un índice o del equipo (2.2), aquí dice cuál era y por qué no se usó.

Mira las dos marcas en cada foto que te parezca rara. El rectángulo amarillo debe rodear la barra de escala, no otra cosa blanca del rótulo; la línea roja debe quedar por encima de todo el rótulo y por debajo del grano. Lo que queda abajo de la línea no se analiza nunca.

Medir la barra a mano

Para una foto sin magnificación, con una barra que la app no encuentra o con una barra que sabes correcta aunque la calibración diga otra cosa:

1. Elige la foto en la tabla y pulsa Medir la barra a mano. La app pide: «Haz clic en los dos extremos de la barra de escala.»
2. Haz clic en un extremo y luego en el otro. Cada clic deja un punto azul.
3. Escribe la longitud de la barra en micrómetros cuando la app lo pregunte; la pregunta dice cuántos píxeles marcaste.

El tamaño del píxel queda en longitud ÷ píxeles, con fuente a mano, que manda sobre todas las demás; la app confirma con «Calibrada a mano:» y el valor, y borra lo que se haya medido después. Haz los clics con cuidado y en la foto más grande que puedas: un error de dos píxeles en una barra de 100 px cambia todos los tamaños de esa foto en 2 %.

Una foto que vino de un proyecto pero cuya carpeta no se ha vuelto a abrir no se puede ver: el visor dice «La imagen no está abierta en esta sesión: abre otra vez su carpeta.»

3.1Cómo se mide el cuerpo

Bajo el título del bloque, Contorno y tamaño, y su subtítulo, «El cuerpo de cada grano sin sus espinas: diámetros, elongación y circularidad.», el desplegable Cómo se mide resume el método en dos párrafos. Esta sección lo explica paso a paso, en el orden en que la app lo hace con cada foto.

1. El píxel común. Todas las fotos de un grano se llevan a un mismo tamaño de píxel antes de medir, para que una espina de 2 µm ocupe los mismos píxeles en todas. Ese píxel es el que escribiste en Bloque 2›Calibración y lectura de nombres›Píxel del análisis (µm), o, si lo dejaste vacío, el percentil 90 del píxel nativo de las fotos de un grano, redondeado a dos cifras: así casi ninguna foto tiene que ampliarse. El remuestreo es por áreas (Wolberg 1990). Antes se corta el rótulo del microscopio: lo que queda debajo de la línea roja del visor del Bloque 2 no se analiza. En el ejemplo, las 30 fotos están a 1000× y 1280 px, y el píxel común es de 0.1 µm.
2. El grano y el fondo. En una micrografía electrónica de barrido el grano es claro sobre un fondo oscuro. El umbral de Otsu (1979) elige el nivel de gris que mejor separa los dos; los píxeles más claros que él son grano. Se rellenan los huecos (las partes oscuras rodeadas de grano, como los lúmenes), se quitan las motas sueltas y se cierran los cortes de uno o dos píxeles.
3. El grano del centro. Si en la foto quedan varias regiones, se toma la más grande cuyo centro cae en el 70 % central del cuadro y que mide al menos un 30 % de la mayor; si ninguna cumple, la más grande. Así un grano vecino que asoma por la orilla no se toma por el de la foto.
4. El contorno en 720 direcciones. Desde el centro del grano, en cada medio grado, se busca el píxel de borde más lejano. El resultado es el perfil radial: el radio del grano en 720 direcciones, con las espinas como picos angostos. El capítulo 4 lo muestra como gráfica (figura 4.8).
5. El cuerpo. Sobre ese perfil se hace una apertura morfológica (Serra 1982): se recortan todos los picos más angostos que la Base máxima de una espina (µm), y lo que queda, suavizado, es el contorno del cuerpo. Una ondulación más ancha que esa base no es una espina: es la forma del grano, y se queda en el cuerpo.
6. Las medidas. Con el polígono del cuerpo se calculan su área y su perímetro, y de ellos las medidas de la tabla 3.1. Los diámetros de Feret se obtienen con calibradores rotantes sobre el polígono (Shamos 1978).
7. El contorno cortado. Las direcciones en que el contorno llega al borde de la foto o al rótulo están cortadas: ahí no se sabe dónde termina el grano. Si pasan del Contorno cortado aceptable (%), la foto se marca y no entra en las comparaciones de tamaño. Las espinas de las direcciones cortadas tampoco se cuentan.

3.2Medir

La tarjeta Medir tiene tres campos y un botón. Los valores por omisión sirven para la mayoría de los granos equinados de 20 a 100 µm fotografiados a 1000× o más; cámbialos sólo si la revisión de la sección 3.4 te muestra que algo no se reconoce bien.

Al lado del botón Medir todas las fotos de un grano un renglón dice cuántas fotos se van a medir y a qué píxel: con el ejemplo, 30 foto(s) de un grano, al píxel de 0.1 µm. Sólo entran las fotos incluidas que el Bloque 2 tiene como Un grano; las panorámicas van al Bloque 5. Si todavía no hay imágenes, el renglón dice «Abre primero tus imágenes en el Bloque 2.» y el botón queda apagado.

Al pulsar el botón aparece la ventana de espera, que dice qué foto se está midiendo y cuántas faltan. Al terminar, un mensaje verde da el total y el tiempo —«30 de 30 fotos medidas en 20.0 s.» en la figura 3.1; el tiempo cambia de una computadora a otra— y la barra de bloques pone la palomita en los bloques 3 y 4. Si en alguna foto no se encuentra un grano, el mensaje sale en ámbar y nombra las fotos después de Sin grano reconocible:.

3.3Resultados por grupo

La tarjeta Resultados aparece en cuanto hay fotos medidas. Arriba, cuatro mosaicos:

• Fotos medidas: las fotos de un grano que se midieron, incluidas las de contorno cortado.
• Granos, con contorno completo: los granos distintos que entran en las comparaciones. Dos fotos del mismo grano cuentan una vez.
• Contorno cortado, fuera de las comparaciones: las fotos que pasan del porcentaje aceptable. El mosaico lleva borde ámbar si hay alguna y verde si no.
• Cuerpo (media): la media del diámetro del cuerpo de todos los granos, de todos los grupos juntos, y debajo la media de sus dos diámetros de Feret.

Si alguna foto tuvo que ampliarse para llegar al píxel común (su píxel nativo era más grande), un aviso ámbar lo dice: «… tenían menos resolución que el píxel del análisis y se ampliaron: sus medidas finas (espinas, lúmenes) son menos fiables.» Si alguna tiene el contorno cortado, otro aviso pide revisarlas abajo. Con el ejemplo no aparece ninguno de los dos.

La tabla por grupo

La tabla Por grupo pone un grupo en cada columna, con su número de granos debajo del nombre (n = 8 en el ejemplo), y una medida en cada renglón, bajo el encabezado Medida: la media ± la desviación estándar de las seis medidas de la tabla 3.1. Así cabe en la pantalla aunque haya muchos grupos. Su leyenda lo dice: «Media ± desviación estándar entre granos (las fotos de un grano se promedian).» Primero se promedian las fotos de cada grano y después se calcula la media y la desviación entre granos: la desviación estándar es la variación entre granos, no entre fotos. El botón CSV descarga la tabla como palynopro_tamano_por_grupo.csv, con un renglón por grupo y una columna de media y otra de desviación para cada medida.

Las dos figuras

Diámetro del cuerpo por grupo es una gráfica de caja con los granos encima como puntos: la caja va del primer al tercer cuartil, la línea es la mediana y los bigotes llegan a los datos más extremos dentro de 1.5 veces el recorrido intercuartílico. Diámetros de Feret del cuerpo pone cada grano con su Feret mayor en el eje horizontal y el menor en el vertical, con una elipse que encierra al 95 % de cada grupo. Un grano redondo cae cerca de la diagonal; uno alargado, por debajo de ella.

3.4Revisión de cada foto

Ninguna cifra vale más que el contorno del que sale. La tarjeta Revisión de cada foto dibuja sobre cada imagen lo que la app midió, para que compruebes, foto por foto, que el grano, el cuerpo y las espinas son los que tú habrías trazado.

1 2 3 4 5

• 1La foto, al píxel del análisis, sin su rótulo, con las capas encima.
• 2← Anterior, el selector y Siguiente →. Recorren las fotos medidas; al llegar a la última se vuelve a la primera. En el selector, las fotos de contorno cortado llevan ⚠, y las excluidas siguen en la lista con «— excluida» detrás del nombre.
• 3Las capas, cada una con su casilla y su color.
• 4Los datos de la foto: nombre, grupo y grano, las seis medidas, el contorno cortado, el umbral y las marcas.
• 5Excluir esta foto. La saca del estudio; en una foto excluida, el mismo botón dice Volver a incluir (ver abajo).

Las capas

Las direcciones de contorno cortado se señalan siempre con cuadritos blancos sobre el borde, sea cual sea la capa encendida. Los datos de la derecha terminan con el Contorno cortado en porcentaje, el Umbral (gris) que eligió Otsu (entre 89 y 91 en las fotos del ejemplo; 90.0 en la figura 3.4) y las Marcas: una palomita si la foto está bien, contorno cortado o ampliada si no.

Excluir una foto

Excluir esta foto saca la foto del estudio: se borra su medida, desaparece de la tabla y de las figuras, y la comparación del Bloque 6 se borra para que vuelvas a calcularla. Úsalo con una foto que de verdad no sirve —un grano roto, dos granos pegados, una foto movida—, no con la que da un número que no te gusta. Con el ejemplo, al excluir 03_C.png el mosaico Fotos medidas baja a 29, pero Granos sigue en 24, porque el grano 3 de C conserva su otra foto.

La foto excluida no desaparece del visor: sigue en el selector como «03_C.png — excluida», y puedes verla con sus capas para decidir; en los datos de la derecha, en lugar de las medidas, se lee Estado: «Excluida: no entra en el análisis.». El botón cambia a Volver a incluir, que la vuelve a medir en el acto, con los mismos ajustes que las demás, y avisa «Foto incluida y medida»; no hace falta medir las demás. Hay una excepción: el píxel común (sección 3.1) depende de las fotos incluidas, y si excluir o incluir una lo mueve, el aviso dice «El píxel común del análisis cambió: vuelve a medir todas las fotos.»; entonces pulsa otra vez Medir todas las fotos de un grano. También puedes excluir o incluir fotos en el Bloque 2, con la columna Excluir de la tabla de imágenes.

La tabla de todas las fotos

Bajo el visor, el desplegable Tabla de todas las fotos tiene un renglón por foto con Foto, Grupo, Grano, las seis medidas, Cortado (%) y Marcas. Los renglones de las fotos que quedan fuera de las comparaciones se marcan; un clic en un renglón lleva esa foto al visor. Su botón CSV descarga palynopro_medidas_por_foto.csv, con las 19 variables de la app (también las de ornamentación) y una columna usable que vale 1 o 0.

Si abriste un proyecto guardado sin volver a abrir la carpeta de imágenes, las medidas siguen ahí pero el visor dice «Abre otra vez la carpeta para ver la foto.»: el proyecto guarda referencias, no las fotos (sección I.5).

4.1Espinas, lúmenes y textura

El Bloque 4 no tiene botón para medir: la ornamentación se mide en la misma pasada que el contorno, al pulsar Medir todas las fotos de un grano en el Bloque 3. Si entras aquí antes de medir, el bloque sólo muestra un recuadro que lo explica y un botón para ir a medir.

El subtítulo del bloque es «Espinas en el contorno, lúmenes del retículo y textura de la superficie.» El desplegable Cómo se mide explica los tres grupos de medidas en un párrafo cada uno; aquí van con más detalle.

Las espinas del contorno

Las espinas salen del perfil radial del Bloque 3 (sección 3.1): la altura de cada dirección sobre el cuerpo es la diferencia entre el contorno y el cuerpo. Un pico de esa diferencia es una espina si sobresale más que la Altura mínima de una espina (µm) y es más angosto que la Base máxima de una espina (µm); dos picos más cercanos que media base cuentan como uno, el más alto. Las espinas que caen en direcciones de contorno cortado, o junto a ellas, no se cuentan.

La altura de cada espina se mide de la punta a la cuerda que une sus dos pies: el pie de cada lado es el punto más bajo del contorno entre la punta y el lugar donde el contorno vuelve a tocar el cuerpo. Medirla así, y no sobre el cuerpo recortado, importa en los granos alargados: ahí el cuerpo está inclinado bajo la espina, y la cuerda sigue esa inclinación. De las espinas salen cinco medidas:

Los lúmenes del retículo

En un grano reticulado, los lúmenes —las celdas del retículo— se ven más oscuros que los muros que los rodean. La app busca los lúmenes en la parte interior del cuerpo, lejos de su borde (deja fuera el 18 % exterior del radio, donde la superficie se ve de canto), con un umbral local en la línea de Niblack (1986): un píxel es lumen si es más oscuro que la media de su vecindario por más de cierto número de desviaciones estándar de ese vecindario. Cada grupo de píxeles oscuros que no toca el borde de esa zona, de entre 0.05 y 12 µm², es un lumen; las manchas oscuras más grandes, como las aberturas, quedan fuera por su tamaño. De ellos salen tres medidas:

• Diámetro de lumen (mediana) (µm): la mediana de los diámetros equivalentes de los lúmenes de la foto. Se usa la mediana porque unos pocos lúmenes fusionados o partidos no la mueven.
• Densidad de lúmenes (/100 µm²): los lúmenes por cada 100 µm² de superficie, contados sólo en la zona que queda a más de tres diámetros medianos del borde, para que las celdas cortadas por el borde no la bajen.
• Variación del lumen (CV): el coeficiente de variación de los diámetros: bajo en un retículo regular, alto en uno de mallas desiguales.

La textura de la superficie

La textura se mide en la misma zona interior con la matriz de coocurrencia de grises (Haralick et al. 1973): cuántas veces un nivel de gris aparece junto a otro a una distancia dada. La app reduce los grises a 32 niveles entre los percentiles 1 y 99 de la zona, cuenta los pares a 0.2 y 0.4 µm en cuatro direcciones (0°, 45°, 90° y 135°), sólo cuando los dos píxeles están sobre la superficie, y promedia las ocho matrices.

La app calcula también la Textura: energía, que sube en las superficies uniformes; no aparece en las tablas de este bloque, pero sí entre las variables del Bloque 6 y en el CSV de todas las fotos.

4.2Lúmenes: los dos ajustes

La tarjeta Lúmenes tiene los dos parámetros del umbral local. Los de las espinas están en el Bloque 3, porque también deciden dónde está el cuerpo.

Los valores se aplican con Volver a medir con estos valores, que lleva al Bloque 3 y vuelve a medir todas las fotos (con el ejemplo, unos 20 a 30 s). Como cualquier medición nueva, borra la comparación del Bloque 6.

La nota al pie de la tarjeta dice cómo se validó: «Se validó con retículos simulados: el diámetro mediano de lumen resultó proporcional a la malla dibujada en todo el intervalo de 1.8 a 4 µm, con variación entre réplicas menor a 3 %.» «Proporcional» no es «igual»: lo explica la sección 4.3.

4.3Resultados por grupo

La tarjeta Resultados empieza con cuatro mosaicos, todos promedios de los granos con contorno completo, de todos los grupos juntos: Espinas en el contorno (por grano (media)), Altura de espina, Densidad de espinas (por 100 µm de contorno) y Lumen (mediana), con la densidad de lúmenes debajo.

Sigue la tabla Por grupo, como la del Bloque 3: un grupo por columna, con su número de granos debajo del nombre, y una medida por renglón, con la media ± la desviación estándar entre granos. Las doce medidas van en tres secciones: Espinas (las cinco de la tabla 4.1), Lúmenes (las tres de los lúmenes) y Textura (cuatro de las cinco de textura). Su botón CSV descarga palynopro_ornamentacion_por_grupo.csv, con un renglón por grupo.

Las cuatro figuras

Tres gráficas de caja, con los granos como puntos —Densidad de espinas por grupo, Diámetro de lumen por grupo y Altura de espina por grupo— y un diagrama de dispersión, Textura: contraste contra homogeneidad, con una elipse que encierra al 95 % de cada grupo.

4.4Revisión de cada foto y perfil radial

Como en el Bloque 3, la tarjeta Revisión de cada foto dibuja sobre la imagen lo que se midió, con ← Anterior, el selector y Siguiente → para recorrer las fotos. Tiene tres capas: Lúmenes (en verde, cada lumen medido), Espinas (las puntas, en rojo) y Cuerpo (en celeste, discontinuo). A la derecha van la foto, sus doce medidas de ornamentación y los Lúmenes medidos. Aquí no hay botón para excluir: las fotos se excluyen en el Bloque 3.

Lo que hay que mirar en la capa Lúmenes: que el verde caiga en las celdas y no en los muros; que no se junten dos celdas en una mancha grande; y que no queden celdas claras sin marcar. Que falten lúmenes en la orilla del grano es lo esperado: esa zona no se analiza.

El perfil radial

Bajo el visor, Perfil radial de la foto elegida muestra el contorno como lo lee la app: la Dirección desde el centro (°), de 0 a 360, en el eje horizontal, y el Radio (µm) en el vertical. La línea fina es el Contorno, con las espinas como picos; la gruesa discontinua, el Cuerpo que quedó al recortarlos; los círculos, las Espinas contadas. Es la manera más directa de ver por qué un pico se contó o no.

5.1Cómo se estima

El bloque trabaja sólo con las fotos que el Bloque 2 tiene como Panorámica: tomas a pocos aumentos con muchos granos. Su subtítulo lo resume: «Granos turgentes y colapsados en las panorámicas, por grupo.» El desplegable Cómo se estima explica el método; estos son sus pasos.

1. La foto entera. Cada panorámica se analiza a su propio píxel (en el ejemplo, 150× y 1280 px dan 0.6667 µm/px), sin el rótulo; si mide más de 1600 px de ancho, se reduce a ese ancho.
2. Todos los granos. El umbral de Otsu separa los granos del fondo, como en el Bloque 3, y cada región cuyo diámetro cae entre el Diámetro mínimo de un grano (µm) y el Diámetro máximo de un grano (µm) es un candidato.
3. Los del borde, fuera. Un grano que toca el borde de la foto tiene la silueta incompleta y su forma no se puede juzgar: se marca y no se cuenta.
4. El cuerpo de cada grano. De cada candidato se lee su propio perfil radial (en 360 direcciones) y se le quitan las espinas con la misma Base máxima de una espina (µm) del Bloque 3. Las espinas bajan la convexidad de un grano sano; sin ellas, sólo la pierde un grano plegado.
5. El grano típico. Es la mediana del diámetro del cuerpo de los granos que no tocan el borde de esa panorámica. Si en ella hay menos de tres, se usa la mediana del cuerpo medido en el Bloque 3.
6. Fragmentos y agregados, fuera. Una región más chica que el típico por el factor de Fragmento: más chico que el grano típico (×) es un fragmento o un residuo del montaje; una más grande por el factor de Agregado: más grande que el grano típico (×), varios granos que se tocan. Ninguna de las dos se clasifica.
7. Turgente o colapsado. Los demás granos se clasifican por la solidez de su cuerpo: si llega a la Solidez mínima del cuerpo de un grano turgente, el grano es turgente; si no, colapsado o deforme.

5.2Contar

La tarjeta Contar tiene cinco campos y el botón Contar en todas las panorámicas. A su lado, un renglón dice cuántas panorámicas hay; si no hay ninguna, dice «No hay panorámicas: márcalas como “Panorámica” en el Bloque 2.» y el botón queda apagado.

Ajusta el mínimo y el máximo al polen que estudias: deben dejar dentro a todos los granos y fuera la basura del montaje. Al pulsar el botón, la ventana de espera dice qué panorámica se cuenta; con las tres del ejemplo, toma unos segundos. Si una panorámica no se puede leer, un aviso ámbar la nombra.

5.3Resultados: proporción, intervalo y χ²

La tarjeta Resultados empieza con cuatro mosaicos:

• Panorámicas: cuántas se contaron.
• Granos contados: los turgentes más los colapsados; debajo, cuántos quedaron fuera (borde, agregados, fragmentos).
• Colapsados: el porcentaje de todos los grupos juntos y, debajo, la cuenta.
• Prueba χ²: el estadístico, sus grados de libertad (gl) y su valor p.

Los veredictos

Debajo de los mosaicos van hasta tres avisos. El primero da la conclusión de la prueba: «La proporción de granos colapsados difiere entre grupos (χ²).» si p < 0.05, o «No se detectó diferencia entre grupos en la proporción de granos colapsados (χ²).» si no. El segundo aparece cuando alguna frecuencia esperada es menor que 5 —con el ejemplo, «3 celda(s) con frecuencia esperada menor que 5: la prueba χ² es aproximada; cuenta más panorámicas.»—. El tercero está siempre: «Recuerda: la solidez es una aproximación morfológica a la fertilidad, no una prueba de viabilidad.»

La tabla por grupo

Un renglón por grupo con Panorámicas, Granos (los clasificados), Colapsados, el %, el IC 95 % (Wilson) y el Diámetro (µm) de los granos clasificados, media ± desviación estándar. El botón CSV descarga palynopro_fertilidad.csv, con la proporción y los límites del intervalo como fracciones. Con el ejemplo, la tabla es la de la figura 5.2: B tiene 5 colapsados de 13 (38.5 %, con un intervalo de 17.7 a 64.5 %), y A y C, 0 de 13 (de 0.0 a 22.8 %).

El diámetro de esta tabla no sustituye al del Bloque 3: se mide a pocos aumentos (0.67 µm/px en el ejemplo) e incluye a los granos colapsados, que miden menos; por eso la desviación de B es mayor. Además, en el ejemplo los granos de las panorámicas se dibujan casi redondos, sin la elongación de cada morfotipo, y el de C sale más grande que en las fotos de un grano. Úsalo sólo para comprobar que se contó polen del tamaño esperado.

Las dos figuras

Granos colapsados por grupo da el porcentaje de colapsados de cada grupo en barras, con el intervalo de Wilson como bigote. Solidez del cuerpo de los granos es un histograma de la solidez de todos los granos clasificados, entre 0.75 y 1, con una línea vertical en el umbral: los granos a su izquierda son los colapsados.

5.4Revisión de cada panorámica

La tarjeta Revisión de cada panorámica dibuja un círculo alrededor de cada región encontrada, con el color de su clase y su solidez escrita con tres decimales, encima del grano o, si el grano está junto al borde de arriba, debajo; siempre dentro de la foto. Las panorámicas se eligen en el selector. La leyenda de colores va debajo de la imagen:

A la derecha van la Panorámica, el Grupo, los Granos completos (los clasificados), cuántos son Turgentes y cuántos Colapsados, cuántos quedaron En el borde, cuántos Agregados y Fragmentos, y el Grano típico en µm con que se juzgaron. En la panorámica del morfotipo A, por ejemplo: 13 granos completos, los 13 turgentes, 1 en el borde y un grano típico de 60.8 µm.

El Bloque 6 trabaja con lo que midió el Bloque 3 —el contorno, el tamaño y, en la misma pasada, la ornamentación del Bloque 4—; no vuelve a leer las imágenes. Bajo el título, la app dice lo que hace: «¿Se distinguen los grupos por su polen? Con el grano como unidad.». Tiene un desplegable, Qué se calcula, la tarjeta Variables con el botón que lanza el análisis y, una vez calculado, cinco tarjetas de resultados: En resumen, Por variable, Componentes principales, PERMANOVA y Clave polínica: clasificar un grano. Todas las cifras de este capítulo salen del ejemplo simulado medido con los valores por omisión y comparado con los ajustes por omisión.

6.1Qué se calcula: el grano como unidad

Antes de cualquier prueba, la app junta las fotos de cada grano en un solo renglón: el promedio de sus medidas. Todo lo demás —las pruebas, los componentes, la PERMANOVA y los clasificadores— se hace con esos granos, no con las fotos.

El desplegable Qué se calcula lo resume en un párrafo. Por pasos, lo que la app hace al pulsar Comparar los grupos es esto:

1. Toma las fotos medidas que sirven. Las fotos de un grano incluidas y calibradas que tienen resultado en el Bloque 3, sin las de contorno cortado (las que superan el Contorno cortado aceptable (%), capítulo 3).
2. Promedia por grano. Las fotos con el mismo grupo y el mismo número de grano son una sola unidad (en el ejemplo, 03_A.png y 03a_A.png son el grano A·03). Si a un grano le falta alguna de las variables elegidas, queda fuera, y la app lo dice junto al botón (sección 6.2).
3. Quita los grupos con menos de tres granos y se detiene si no quedan al menos dos grupos.
4. Prueba cada variable: análisis de varianza de una vía, prueba de Kruskal–Wallis y letras de Tukey, con los valores de p ajustados por Holm sobre todas las variables elegidas.
5. Estandariza las variables (media 0, desviación 1) para que una medida en micras no pese más que una proporción, y calcula los componentes principales y la PERMANOVA global y por pares.
6. Ajusta y valida dos clasificadores, el discriminante lineal y el bosque aleatorio, dejando fuera un grano completo cada vez.

Mientras calcula, la ventana de espera «Comparando los grupos» dice en qué paso va: Pruebas por variable, Componentes principales, PERMANOVA, Análisis discriminante, Bosque aleatorio (validación por grano) e Importancia de las variables. Con el ejemplo tarda unos segundos.

6.2Variables y ajustes

La tarjeta Variables decide qué medidas entran al análisis multivariado y fija los tres números que gobiernan las partes aleatorias. Debajo está el botón Comparar los grupos.

Entran al análisis

El recuadro Entran al análisis tiene una casilla por cada medida que saca el Bloque 3 o el 4. Al abrir la app vienen marcadas once, elegidas para que el análisis no repita información:

Las que quedan fuera son, casi todas, combinaciones de otras: la elongación es el cociente de los dos Feret; el diámetro con espinas es, a grandes rasgos, el cuerpo más dos alturas de espina; el número de espinas y su espaciado salen de la densidad y del perímetro; la entropía y la energía de la textura van casi siempre de la mano de la homogeneidad. Puedes marcar o desmarcar las que quieras —la app pide al menos dos— y la elección se guarda en el proyecto. Si vuelves a medir en el Bloque 3, la elección se conserva, pero el resultado se borra y hay que volver a comparar.

Los tres ajustes

A la derecha del botón, la app dice con cuántos granos y grupos va a trabajar («24 granos de 3 grupos» en el ejemplo); si aún no hay mediciones, dice «Primero mide los granos en el Bloque 3.» y el botón queda apagado. Si al comparar algún grano quedó fuera por faltarle una variable elegida (por ejemplo, sin lúmenes medidos), el renglón lo añade: «… · 2 sin valor en alguna variable elegida: quedaron fuera». Con el ejemplo no pasa.

6.3En resumen

Seis recuadros y unos veredictos que contestan, de un vistazo, si los grupos difieren y si un grano basta para reconocer su grupo.

Los veredictos

Debajo de los recuadros, la app escribe en palabras lo que significan. Las reglas son fijas:

• PERMANOVA. Si p < 0.05: «Los grupos difieren en conjunto (PERMANOVA p = 0.001); el grupo explica 71.1 % de la variación entre granos.» (el porcentaje es R² × 100). Si no: «La PERMANOVA no detectó diferencia entre grupos en conjunto.».
• Clasificación, con el mejor de los dos clasificadores. Con 80 % o más, la palomita verde: «Un grano nuevo se asignaría a su grupo correcto 100.0 % de las veces: el polen sirve como clave para estos grupos.». Por debajo de 80 % pero al menos el doble de lo esperado al azar, un aviso: la clasificación supera claramente al azar, «pero no basta para identificar con seguridad un grano aislado: los grupos se traslapan», y sugiere revisar la matriz de confusión. Por debajo de eso, una nota: la clasificación apenas supera al azar.
• Grupos fuera. Si alguno tenía menos de tres granos, «Grupos con menos de tres granos, fuera del análisis:» y sus códigos.
• Fotos promediadas. «6 grano(s) tenían más de una foto: se promediaron.» en el ejemplo.

6.4Por variable

Una tabla con una fila por variable: la media y la desviación estándar de cada grupo con su letra de Tukey, y las tres pruebas. Debajo, la figura de la variable que mejor separa a los grupos.

La nota de la tarjeta lo resume: «Media ± desviación estándar por grupo; grupos que no comparten letra difieren (Tukey, α = 0.05). Valores de p ajustados por Holm sobre todas las variables.». Las columnas son:

El botón CSV descarga la tabla como palynopro_por_variable.csv, con los números sin redondear: una fila por variable, con su clave interna en variable (como corp_d) y su nombre con la unidad en nombre («Diámetro del cuerpo (µm)»), y, por grupo, las columnas A_media, A_de y A_letra; después F, p_anova_holm, H, p_kruskal_holm y eta2.

La variable que más separa a los grupos

La figura de cajas de la tarjeta muestra la variable de mayor F, con cada grano como un punto, la caja del primer al tercer cuartil con la mediana, los bigotes y la letra de Tukey encima de cada grupo. Cambia sola si cambias las variables elegidas: siempre es la de mayor F entre las que entraron.

6.5Componentes principales

Un mapa de los granos en dos dimensiones que resume todas las variables a la vez, con flechas que dicen hacia dónde crece cada una. Sirve para ver la estructura —qué grupos se separan, cuáles se enciman, qué variables van juntas—, no para probar nada.

Biplot: granos y variables

Cada punto es un grano, con la forma y el color de su grupo, y cada grupo lleva su elipse del 95 %. Las flechas son las variables: su punta está en la correlación de la variable con CP1 (horizontal) y con CP2 (vertical), así que apuntan hacia donde la variable crece y su largo dice qué tan bien la representa el plano. Dos flechas juntas son variables que van de la mano; opuestas, que una sube cuando la otra baja. Los ejes llevan el porcentaje de varianza de cada componente: «CP1 (58.8 %)» y «CP2 (23.4 %)».

Cada flecha lleva el nombre de su variable, en el idioma de la interfaz (sin la unidad). En el ejemplo, las flechas del retículo y de la textura se reparten a lo largo de CP1: Textura: contraste y Densidad de lúmenes a la derecha y algo abajo, Diámetro de lumen (mediana) y Textura: homogeneidad a la izquierda, justo donde están los granos del morfotipo C. Las del tamaño (Diámetro mayor del cuerpo (Feret), Diámetro del cuerpo, Diámetro menor del cuerpo (Feret)) y la Altura media de espina suben hacia la derecha, hacia los granos del B. Los del A quedan abajo a la derecha: son los más chicos y los de lúmenes más densos.

Varianza explicada

Una barra por componente con el porcentaje de la variación total que explica. Es la gráfica de sedimentación: cuando las barras dejan de bajar de golpe, los componentes que siguen son ruido. En el ejemplo, CP1 explica 58.8 %, CP2 23.4 % y CP3 11.8 % (valores propios 6.47, 2.57 y 1.29): los tres primeros, los únicos con valor propio mayor que 1, suman casi el 94 %, y del CP6 en adelante las barras ni se ven.

La tabla de correlaciones

Bajo las figuras, «Correlación de cada variable con los componentes.»: una fila por variable con su correlación (r) con CP1, CP2 y CP3. Una |r| cercana a 1 dice que el componente es, en buena parte, esa variable. En el ejemplo, CP1 es sobre todo la textura y el retículo (contraste 0.925, homogeneidad −0.917, diámetro de lumen −0.858, densidad de lúmenes 0.813); CP2, el tamaño (Feret mayor 0.863, diámetro del cuerpo 0.739); y CP3, las espinas (densidad de espinas 0.668, área de espinas 0.590).

6.6PERMANOVA

La prueba de si los grupos difieren en el conjunto de sus medidas, sin suponer que las variables sigan una distribución normal: la respuesta global y, con más de dos grupos, par por par.

El renglón Global da el seudo-F, sus grados de libertad (número de grupos − 1 y número de granos − número de grupos), la R², el valor de p, el número de permutaciones y la distancia usada. En el ejemplo: «pseudo-F = 25.832, gl 2, 21; R² = 0.711; p = 0.001 (999 permutaciones, distancia euclidiana sobre variables estandarizadas)». El p de 0.001 es el más pequeño que se puede obtener con 999 permutaciones: ninguna barajada igualó al observado. Para afirmar un p menor hay que aumentar las permutaciones.

La tabla por pares repite la prueba con cada par de grupos —Par, F, R², p— y añade p (Holm), ajustada por el número de pares. Los pares con p de Holm menor que 0.05 llevan una franja verde a la izquierda. Con sólo dos grupos no hay tabla de pares: la global ya es la comparación.

6.7Clave polínica: clasificar un grano

La última tarjeta contesta la pregunta práctica: si te dan un grano suelto, ¿podrías decir de qué grupo es sólo por sus medidas? Para eso ajusta dos clasificadores y mide su acierto con granos que no vieron.

Los recuadros

• Discriminante lineal: 100.0 % de acierto, «validación dejando fuera un grano».
• Bosque aleatorio: 100.0 %, con la misma validación: «validación dejando fuera un grano, 300 árboles en cada modelo».
• Error fuera de bolsa: 4.2 %, del «bosque completo, 500 árboles». Cada árbol se ajusta con una muestra con reemplazo de los granos; los que no entraron a esa muestra («fuera de la bolsa») sirven para medir su error. Es una segunda estimación del acierto del bosque, sin validación aparte. En el ejemplo, 4.2 % es un grano de 24; que no coincida del todo con la validación es normal con tan pocos granos.

Espacio discriminante (LD1 × LD2)

Los granos en los dos primeros ejes discriminantes, con la elipse del 95 % de cada grupo. Cada eje lleva el porcentaje de la separación entre grupos que recoge: «LD1 (78.4 %)» y «LD2 (21.6 %)» en el ejemplo. A diferencia del biplot, estos ejes se eligen para separar a los grupos, así que la figura muestra la mejor separación posible con combinaciones lineales; con tres grupos hay dos ejes. Los granos se dibujan con el modelo ajustado a todos los granos; el acierto de los recuadros, en cambio, sale de la validación. Con dos grupos hay un solo eje, y en lugar de la figura la app dice «Con dos grupos hay un solo eje discriminante.».

Importancia de las variables (bosque aleatorio)

Una barra por variable con la disminución media de Gini: cuánto ayuda, en promedio, cada variable a hacer más puros los cortes de los árboles del bosque completo. Las barras van acostadas, con el nombre de cada variable a la izquierda, de la más importante arriba a la menos importante abajo. En el ejemplo la más importante es la Altura media de espina (0.110), seguida del Diámetro de lumen (mediana) (0.081), la Densidad de lúmenes (0.077) y el Área de espinas / área del cuerpo (0.075); la menos, la Densidad de espinas (0.020). La importancia dice qué usa el bosque, no qué variable difiere más: dos variables muy correlacionadas se reparten la importancia.

Las matrices de confusión

Una por clasificador, Discriminante lineal y Bosque aleatorio, con la leyenda «Filas: grupo verdadero · columnas: grupo asignado». La diagonal son los aciertos, sombreada con el color principal; fuera de ella, los errores, en el de acento. La última columna, Acierto, es el porcentaje de granos de cada grupo bien asignados. En el ejemplo, las dos matrices tienen 8, 8 y 8 en la diagonal y ceros fuera de ella (Acierto 100 % en cada grupo). Cuando un clasificador se equivoque con tus datos, mira entre qué grupos caen los errores y compáralo con la PERMANOVA por pares: lo esperable es que se confundan los pares más parecidos (en el ejemplo, A–B).

El Bloque 7 tiene dos tarjetas: Datos del informe, con los campos y los botones, y Vista previa, que aparece cuando generas el informe. Bajo el título, la app lo resume: «Métodos, resultados, figuras y galería en un documento para imprimir o guardar en PDF.». Nada se calcula aquí por primera vez: el informe toma lo que ya calcularon los bloques 2 a 6, con los ajustes que dejaste en cada uno. Las capturas de este capítulo se hicieron con el ejemplo simulado medido, contado y comparado, con el título «Morfometría polínica del ejemplo simulado».

7.1Datos del informe

Cuatro campos de texto para la portada del informe, el idioma en que se escribe y una lista que dice qué partes del estudio ya están calculadas.

Los cuatro textos y el idioma del informe se guardan en el proyecto y vuelven a sus campos al abrirlo; los textos que dejes vacíos no aparecen en la portada. Sin proyecto, cada vez que abres la app el idioma empieza en El de la pantalla.

Debajo, cuatro insignias dicen qué hay: Imágenes calibradas (Bloque 2), Contorno y tamaño (Bloque 3), Fertilidad (Bloque 5) y Estadística multivariada (Bloque 6). Cada una lleva una palomita verde si su parte está calculada, o un punto si no. Si falta alguna, la app añade: «Lo que falta aparece en el informe como «sin calcular»; puedes generarlo igual.». Es lo normal cuando el estudio no tiene panorámicas: el informe sale sin fertilidad.

7.2Generar, imprimir y descargar

Cinco botones: uno arma el informe, tres lo sacan de la app y el último guarda el proyecto.

Los tres botones de salida están apagados hasta que generas el informe. Bajo los botones, una nota recuerda dos cosas: «Las figuras salen con los colores del tema claro, sea cual sea el de la pantalla. En el diálogo de impresión elige «Guardar como PDF» para obtener el archivo; el texto queda vectorial.».

7.3Lo que lleva el informe

Una portada y nueve secciones numeradas, siempre en el mismo orden. Lo que no está calculado aparece como «Sin calcular.»; nada se inventa.

La portada

Arriba, el rótulo «Informe de morfometría polínica» y el título. Debajo, el material, el autor y la institución si los escribiste, la fecha del día y, si el estudio es el ejemplo, la nota de datos simulados. Cierran la portada cuatro cifras: las imágenes analizadas, los grupos, los granos medidos y, si hay estadística, el acierto de la clasificación por grano (el mejor de los dos clasificadores, sin decimales). En el ejemplo: 33 imágenes, 3 grupos, 24 granos medidos y 100 %.

Los métodos

La sección 2 es lo más útil del informe: un borrador de métodos que escribe lo que de verdad se hizo, con los números que usaste y cada método citado a su fuente. Tiene hasta seis párrafos:

• Imágenes y calibración. Cuántas micrografías (de un grano y panorámicas) y grupos; la regla del tamaño del píxel con el ancho del cuadro de referencia; en cuántas imágenes con barra su longitud dio un valor redondo con un error menor a 4 %; el recorte del rótulo y el remuestreo por áreas al píxel común (Wolberg 1990). En el ejemplo: «… en 33 de las 33 imágenes con barra … a un píxel común de 0.1 µm».
• Contorno y tamaño. El umbral de Otsu (1979), las 720 direcciones, la apertura del perfil (Serra 1982) con la base máxima de una espina, los Feret por calibradores rotantes (Shamos 1978) sobre la envolvente convexa (Andrew 1979), el límite de contorno cortado y los granos que resultaron de promediar las fotos (24).
• Ornamentación. La altura mínima de una espina, los lúmenes por umbral local (Niblack 1986) con el radio y las desviaciones que fijaste, y la textura por coocurrencia de grises (Haralick et al. 1973).
• Fertilidad, sólo si contaste panorámicas: los diámetros mínimo y máximo, el umbral de solidez, el intervalo de Wilson (1927) y la prueba χ².
• Estadística, sólo si comparaste los grupos: análisis de varianza, Kruskal y Wallis (1952), Holm (1979) sobre el número de variables, Tukey (1949), componentes principales (Pearson 1901; Hotelling 1933), PERMANOVA (Anderson 2001) con sus permutaciones, discriminante lineal (Fisher 1936), bosque aleatorio (Breiman 2001) con sus árboles —«500 árboles, 300 en cada modelo de la validación» con los valores por omisión—, la validación dejando fuera un grano y la κ de Cohen (1960). Si algún grano quedó fuera por no tener valor en alguna de las variables, el párrafo lo dice al final («Se dejaron fuera … granos sin valor en alguna de las variables.»).
• Una frase final con la versión del programa: «Todos los cálculos se hicieron con PalynoPro 1.0.0 (Barrera-Guzmán 2026)…».

La galería y las limitaciones

La galería toma, de cada grupo, la primera foto de un grano incluida, medida, sin avisos (ni contorno cortado ni ampliada) y abierta en la sesión, y la dibuja con el contorno con espinas, el cuerpo y las puntas de espina, como en la revisión del Bloque 3. En el ejemplo son 01_A.png (cuerpo 59.6 µm), 01_B.png (72.0 µm) y 01_C.png (64.2 µm). Si abriste un proyecto y no volviste a abrir la carpeta de las fotos, en su lugar dice «Las imágenes no están abiertas en esta sesión.».

Las limitaciones son fijas, porque son del método y no de tus datos: el cuerpo y las espinas se miden sobre la silueta en dos dimensiones; los Feret equivalen a los ejes polar y ecuatorial sólo en vista ecuatorial; la altura de espina, medida de la punta a la cuerda que une sus dos pies, sale menor en cerca de un píxel, porque la punta más fina del cono no llena un píxel (con granos simulados a 0.1 µm por píxel, de 3 a 6 %, mediana 4 %, y más en espinas cortas o que se tocan en la base); la fertilidad por solidez es una aproximación morfológica, no una prueba de viabilidad; y las imágenes ampliadas al píxel común dan medidas finas menos fiables.

7.4Las figuras, el estudio y el editor

Cada figura de los bloques 3 a 6 tiene en su cabecera las mismas cuatro herramientas: dos descargas rápidas y dos maneras de editarla.

Los botones SVG y PNG guardan archivos que se llaman como el título de la figura, sin acentos y con guiones bajos (Biplot_granos_y_variables.svg), y salen con los colores del tema claro aunque trabajes en el oscuro: los colores, las líneas y las letras se escriben dentro del archivo, que no depende de la app para verse. Lo que hayas cambiado con el editor ✎ también va dentro, porque el editor escribe sobre la figura misma.

1 2 3 4

• 1SVG. Descarga la figura como vector: se agranda sin perder nitidez y se edita en cualquier programa de dibujo.
• 2PNG. Descarga la figura como imagen, al triple de su tamaño en pantalla.
• 3Editor ✎. Abre el panel de edición fina de esa figura.
• 4Estudio de figuras. Abre la figura a pantalla completa para ajustarla y exportarla.

El estudio de figuras

El botón de la regla y el lápiz abre el estudio de figuras, el mismo en todas las aplicaciones de la suite. También se llega a él desde la búsqueda (Ctrl + K): las figuras aparecen entre los resultados y se abren directamente en el estudio, o desde el índice En este bloque, con el botón que acompaña a las secciones que tienen figuras.

La barra de arriba deshace y rehace, compara el antes y el ahora con una cortina, acerca y aleja la figura (Ajustar la deja del tamaño de la pantalla, con el porcentaje de acercamiento), la muestra a tamaño real, aplica Preajustes de un clic (y guarda los tuyos), copia la imagen al portapapeles y, con Exportar, la descarga al ancho de una columna, de columna y media, de dos columnas o a uno libre, en milímetros o pulgadas, a 300, 600 o 1200 ppp, en PNG, SVG, PDF vectorial o TIFF, con fondo blanco o transparente. Los botones de la derecha cambian el lugar del inspector (a la derecha, a la izquierda o flotante) y muestran los atajos; Cerrar estudio regresa a la app con la figura donde estaba.

El inspector reúne, en secciones plegables, Ajustes de la figura (las figuras de PalynoPro no traen opciones propias, y el estudio lo dice), Edición fina de esta figura (✎ de la app), que es el editor de abajo acoplado, y las herramientas propias del estudio: paletas científicas con simulación de daltonismo, el tamaño del texto y el grosor de las líneas pensados para el tamaño de salida y la leyenda (dentro de la gráfica en ocho lugares, fuera, debajo u oculta; también se arrastra). Buscar un control… encuentra cualquier ajuste por su nombre. Un doble clic sobre un texto de la figura lo deja cambiar ahí mismo. El estudio recuerda sus ajustes en este navegador.

El editor ✎

El botón ✎ abre, sin salir de la página, un panel flotante que trabaja sobre esa figura, con el título «Editar esta figura» y el nombre de la figura. Tiene seis pestañas:

• General: título, subtítulo y nota al pie dentro de la figura, con su tamaño y alineación; la Familia tipográfica, el Tamaño de todos los textos, el Color de todos los textos, el Grosor de las líneas, el Tamaño de los puntos, el Fondo y un Marco alrededor de toda la figura.
• Ejes y rejilla: los títulos de los ejes, sus números, el color y el grosor de los ejes y de la rejilla.
• Series: cada color de la figura con el nombre de su grupo: color, grosor, trazo, opacidad u ocultarla.
• Leyenda: mostrarla u ocultarla, su lugar y su forma.
• Textos: cada texto uno por uno (redacción, tamaño, negrita, cursiva, color u ocultarlo); aquí se acorta, por ejemplo, un nombre de variable largo del biplot.
• Anotaciones: notas, flechas, líneas de referencia, bandas sombreadas y la letra del panel.

Al pie del panel, Deshacer todo en esta figura, Copiar el estilo a todas las figuras y Exportar. Las ediciones se guardan figura por figura en este navegador, no en el proyecto, y se vuelven a poner cada vez que la figura se redibuja —al recalcular, al cambiar el idioma o el tema—: los textos se reconocen por su redacción original y los colores por su valor original. Si abres el proyecto en otra computadora, las figuras salen sin tus ediciones.

7.5Guardar y retomar el proyecto

El proyecto es un archivo .json pequeño con todo lo necesario para volver a ver los resultados y repetir el análisis, excepto las fotos.

Se guarda con Ctrl + S desde cualquier bloque o con Guardar el proyecto del Bloque 7. El archivo se llama como el título del informe seguido de .palynopro.json (proyecto.palynopro.json si no hay título); la app confirma «Proyecto guardado:» con el nombre y recuerda que no lleva los resultados del Bloque 6 ni las ediciones ✎. Se abre con Ctrl + O o con Abrir un proyecto de la portada; la app confirma «Proyecto abierto:», recuerda que hay que repetir «Comparar los grupos» y te lleva al Bloque 2.

Al abrir un proyecto vuelven las tablas y las figuras de los bloques 2 a 5. Para ver otra vez las fotos, revisarlas sobre la imagen o tener la galería del informe, abre en el Bloque 2 la misma carpeta: la app une cada foto a su renglón por su nombre y conserva sus grupos, su calibración, sus exclusiones y sus resultados («… del proyecto vueltas a abrir»). Sólo si la carpeta trae imágenes que no estaban en el conjunto, pregunta antes, porque añadirlas borra los resultados y hay que volver a medir, contar y comparar (apéndice D). Sin abrir la carpeta puedes consultar las tablas y las figuras; los visores dirán «Abre otra vez la carpeta para ver la foto.». Con el ejemplo simulado, que la app dibuja, las fotos vuelven solas.

ALos archivos que la app lee y escribe

PalynoPro corre en el navegador y no envía nada a ningún servidor: los archivos entran desde tu computadora y lo que la app escribe sale a tu carpeta de descargas. Las fotos nunca se copian: la app guarda una referencia a cada una mientras la pestaña está abierta.

A.1 · Lo que la app lee

Todo entra por el Bloque 2 —Elegir una carpeta, Elegir archivos o arrastrando a la zona Arrastra aquí una carpeta o tus imágenes—, salvo el proyecto. La app reconoce cada archivo por su extensión y su contenido; no hace falta decirle qué es cada uno.

El TIFF

El lector acepta TIFF en tiras o en mosaicos; sin compresión, con LZW (con o sin predictor horizontal), PackBits o Deflate; de 1, 8, 16 o 32 bits; en grises, con paleta o en color. No acepta los TIFF con los canales en planos separados ni otras compresiones (JPEG dentro del TIFF, por ejemplo): esas fotos se reportan como no leídas. Las imágenes de 16 bits se llevan a 8 para analizarse.

El archivo del microscopio

La app reconoce estas formas de escribir los datos, en el .txt o dentro del TIFF:

Si el archivo no trae nada de esto, la magnificación se escribe a mano en la tabla del Bloque 2 o se da en el índice.

El índice

El primer renglón es el encabezado. El separador se adivina con él: punto y coma si tiene más puntos y comas que comas; si no, tabulador si tiene alguno; si no, coma. Los campos entre comillas se respetan, la marca de orden de bytes del principio se ignora y los renglones vacíos se saltan. Los encabezados se comparan sin mayúsculas, acentos ni signos (Magnificación y magnificacion son lo mismo). Cada columna se reconoce por cualquiera de estos nombres:

Cada fila se une a su imagen por el nombre del archivo, con o sin extensión. Lo que trae el índice manda sobre lo que se lee del nombre (grupo y grano), también si después cambias el patrón del nombre (B.1); la magnificación del índice sólo se usa si el archivo del microscopio no la daba, y un tamaño de píxel del índice pasa por delante de la magnificación (B.1). Los decimales pueden llevar punto o coma (0,1), pero con coma decimal separa las columnas con punto y coma o tabulador. El índice que descarga el propio Bloque 2 vuelve a entrar completo:

archivo;grupo;nombre;grano;magnificacion;excluir;nota
01_G1.tif;G1;Grupo uno;01;1000;;
02_G1.tif;G1;Grupo uno;02;1000;1;grano roto
90_G1.tif;G1;Grupo uno;90;150;;panorámica

La clave de grupos

Un archivo de texto con un renglón por grupo, A = Morfotipo A, G1 = Grupo uno o G1: Grupo uno. El código es una sola palabra de letras y cifras, de 1 a 8 caracteres, que puede llevar guiones (- o _) por dentro: A, G1, M12, P3b, Lin-2. Un grupo que no esté en la clave se nombra a mano en la tarjeta Grupos del Bloque 2 o con la columna del nombre en el índice.

El grupo y el grano desde el nombre

Sin índice, el grupo y el grano salen del nombre del archivo con el Patrón del nombre (grupo y grano) del Bloque 2, una expresión regular con dos partes con nombre: (?<grain>…) y (?<group>…). La de omisión, ^(?<grain>\d+)[A-Za-z]*_(?<group>[A-Za-z]+\d*), lee 07a_G1.tif como grano 07 del grupo G1: las letras tras el número del grano marcan una foto repetida del mismo grano. Si el patrón no tiene nombres, se usan el primer y el segundo paréntesis como grano y grupo.

A.2 · Lo que la app escribe

Los nombres que salen de un título se escriben sin acentos y con guiones bajos (Morfometria_polinica_del_ejemplo_simulado.html). Todos los CSV usan la coma como separador y el punto decimal, con los números sin redondear, y van en UTF-8 con marca de orden de bytes para que una hoja de cálculo lea los acentos y la µ. Las medidas van con su clave interna (corp_d, sp_h, lum_d…), que no cambia con el idioma; el CSV por variable del Bloque 6 trae además el nombre de cada una.

BLas reglas, reunidas

Las reglas que la app aplica para calibrar, medir, clasificar, avisar o decidir, con el bloque donde actúan y sus valores por omisión. Son las mismas que explica cada capítulo; aquí están juntas para consultarlas de un vistazo.

B.1 · Calibración (Bloque 2)

B.2 · Contorno, tamaño y ornamentación (Bloques 3 y 4)

B.3 · Fertilidad (Bloque 5)

B.4 · Estadística multivariada (Bloque 6)

Todas son guías para leer los resultados, no leyes: lo que sabes de tu material, de la preparación y de cómo se fotografió siempre manda.

CGlosario

Los términos de la palinología, del análisis de imágenes y de la estadística que usa el manual, con el sentido en que los usa la app. La terminología polínica sigue a Punt et al. (2007) y a Halbritter et al. (2018).

DCuando algo no sale

Los mensajes de la app, tal como aparecen, con lo que suelen querer decir y qué hacer. Los puntos suspensivos son la parte del mensaje que cambia (un nombre, un número).

Si la app se queda en blanco o una tarjeta no responde, recarga la página: los datos se pierden, pero el proyecto guardado no. Si el problema sigue, abre la app con Open PalynoPro.bat en lugar del doble clic sobre index.html; algunos navegadores limitan lo que una página abierta como archivo puede hacer.

ELa herramienta: licencia y cómo citarla

E.1 · Qué es y qué no es

PalynoPro está escrito para este programa: la lectura de TIFF con sus compresiones, el análisis de imágenes, la estadística, el análisis multivariado, las figuras, el informe y las ilustraciones están en su propio código, que se puede leer. No usa bibliotecas de terceros, no trae tipografías (usa las letras del equipo), no tiene código minificado ni pasos de compilación y no carga nada de la red: por eso abre con doble clic y sin conexión. Los PNG y JPEG los decodifica el propio navegador. El único enlace hacia fuera, el del portal de la suite, sólo se sigue si haces clic en él.

Los módulos comunes de la suite —el navegador de bloques, el estudio de figuras y el editor ✎— son del mismo autor y van en su variante de íconos propios, dibujados para la suite. El ejemplo es simulado: los granos, sus espinas, su retículo, el ruido y la barra de escala se dibujan por código con semillas fijas cada vez que se abre, y no son fotos de ninguna planta. Implementa métodos publicados, cada uno citado a su fuente original en el código, en la portada de la app y en los métodos del informe (apéndice F). El archivo PROCEDENCIA.md, en la carpeta del programa, dice de dónde sale cada parte.

E.2 · Licencia

PalynoPro se distribuye bajo la Licencia Pública General de GNU, versión 3 o posterior (GPL-3.0-or-later). El texto completo está en el archivo LICENSE, en la carpeta del programa.

E.3 · Cómo citarla

La sección Cómo citar de la portada de la app da la cita lista para copiar, con Copiar la cita.

Las dos citas llevan el DOI de concepto de Zenodo (10.5281/zenodo.23883213), que siempre lleva a la versión más reciente; la versión 1.0.0 tiene además el suyo propio, 10.5281/zenodo.23883214.

Cita además, en tus métodos, los trabajos de los métodos que usaste. Los métodos del informe (sección 7.3) ya los citan por autor y año, y su sección de referencias trae las fichas completas.

FReferencias

Las 22 obras del catálogo de la app, agrupadas por tema —la palinología, el análisis de imágenes y la estadística— y, dentro de cada tema, en orden alfabético. Son las mismas de la sección Referencias de la portada y del informe.

F.1 · Palinología y terminología polínica

• Erdtman G. 1952. Pollen morphology and plant taxonomy. Angiosperms. Almqvist and Wiksell, Stockholm.
• Halbritter H, Ulrich S, Grímsson F, Weber M, Zetter R, Hesse M, Buchner R, Svojtka M, Frosch-Radivo A. 2018. Illustrated pollen terminology. 2nd ed. Springer, Cham.
• Punt W, Hoen PP, Blackmore S, Nilsson S, Le Thomas A. 2007. Glossary of pollen and spore terminology. Review of Palaeobotany and Palynology 143: 1–81.

F.2 · Análisis de imágenes

• Andrew AM. 1979. Another efficient algorithm for convex hulls in two dimensions. Information Processing Letters 9: 216–219.
• Borgefors G. 1986. Distance transformations in digital images. Computer Vision, Graphics, and Image Processing 34: 344–371.
• Haralick RM, Shanmugam K, Dinstein I. 1973. Textural features for image classification. IEEE Transactions on Systems, Man, and Cybernetics 3: 610–621.
• Niblack W. 1986. An introduction to digital image processing. Prentice Hall, Englewood Cliffs.
• Otsu N. 1979. A threshold selection method from gray-level histograms. IEEE Transactions on Systems, Man, and Cybernetics 9: 62–66.
• Serra J. 1982. Image analysis and mathematical morphology. Academic Press, London.
• Shamos MI. 1978. Computational geometry. PhD thesis, Yale University, New Haven.
• Wolberg G. 1990. Digital image warping. IEEE Computer Society Press, Los Alamitos.

F.3 · Estadística, análisis multivariado y clasificación

• Anderson MJ. 2001. A new method for non-parametric multivariate analysis of variance. Austral Ecology 26: 32–46.
• Breiman L. 2001. Random forests. Machine Learning 45: 5–32.
• Cohen J. 1960. A coefficient of agreement for nominal scales. Educational and Psychological Measurement 20: 37–46.
• Fisher RA. 1936. The use of multiple measurements in taxonomic problems. Annals of Eugenics 7: 179–188.
• Holm S. 1979. A simple sequentially rejective multiple test procedure. Scandinavian Journal of Statistics 6: 65–70.
• Hotelling H. 1933. Analysis of a complex of statistical variables into principal components. Journal of Educational Psychology 24: 417–441.
• Kruskal WH, Wallis WA. 1952. Use of ranks in one-criterion variance analysis. Journal of the American Statistical Association 47: 583–621.
• McArdle BH, Anderson MJ. 2001. Fitting multivariate models to community data: a comment on distance-based redundancy analysis. Ecology 82: 290–297.
• Pearson K. 1901. On lines and planes of closest fit to systems of points in space. Philosophical Magazine 2: 559–572.
• Tukey JW. 1949. Comparing individual means in the analysis of variance. Biometrics 5: 99–114.
• Wilson EB. 1927. Probable inference, the law of succession, and statistical inference. Journal of the American Statistical Association 22: 209–212.