Del alineamiento al árbol fechadoFrom the alignment to the dated tree
Alinea tus secuencias, elige el modelo de sustitución, infiere el árbol por parsimonia, máxima verosimilitud y estadística bayesiana, pon a prueba el reloj molecular, fecha los nodos con fósiles y reconstruye los caracteres y las áreas ancestrales. Todo dentro de tu navegador: sin instalar nada, sin servidor y sin que tus datos salgan de tu computadora.Align your sequences, choose the substitution model, infer the tree by parsimony, maximum likelihood and Bayesian inference, test the molecular clock, date the nodes with fossils and reconstruct ancestral traits and areas. All inside your browser: nothing to install, no server, and your data never leave your computer.
Cómo funcionaHow it works
La ruta es la de un estudio filogenético real, en el orden en que se hace. Cada bloque explica la idea, revisa si tus datos la sostienen y dice qué conviene hacer después.The route is that of a real phylogenetic study, in the order it is actually done. Each block explains the idea, checks whether your data can support it and says what to do next.
Pruébalo: dos laboratorios con filogenia realTry it: two labs with real phylogenetics
Nada de esto es una animación. Cada vez que mueves un control, la app calcula las probabilidades exactas de cada patrón de sitios, simula alineamientos y los analiza con las mismas fórmulas que usará con tus datos. Los dos laboratorios muestran, con números, por qué la filogenia necesita modelos y no solo contar diferencias.None of this is an animation. Every time you move a control, the app works out the exact probability of each site pattern, simulates alignments and analyses them with the same formulas it will use on your data. Both labs show, with numbers, why phylogenetics needs models and not just counting differences.
Cuatro taxones. A y C tienen ramas largas y no son hermanas; B y D, ramas cortas. Bajo Jukes–Cantor la probabilidad de cada patrón de sitios tiene forma cerrada, así que la app calcula el resultado exacto con datos infinitos y además simula alineamientos finitos y los analiza por parsimonia, por distancias y por verosimilitud.Four taxa. A and C have long branches and are not sisters; B and D have short ones. Under Jukes–Cantor the probability of every site pattern has a closed form, so the app computes the exact infinite-data answer and also simulates finite alignments and analyses them by parsimony, by distances and by likelihood.
Veces que cada método recuperó el árbol verdaderoHow often each method recovered the true tree
Dos secuencias que divergen bajo el modelo de Kimura, con tasas que varían entre sitios. Mira lo que pasa con lo que se ve (el porcentaje de posiciones diferentes) frente a lo que realmente ocurrió, y cómo las correcciones lo recuperan… hasta que dejan de poder.Two sequences diverging under Kimura's model, with rates that vary among sites. Watch what happens to what is seen (the percentage of differing positions) against what actually happened, and how the corrections recover it… until they no longer can.
Los doce bloquesThe twelve blocks
Cada bloque es un paso del estudio y un capítulo del manual. Se construyen en este orden; los que aún no están se marcan y aquí ya puedes ver lo que harán.Each block is one step of the study and one chapter of the manual. They are built in this order; the ones that are not ready yet are marked, and you can already see here what they will do.
Qué puedes analizarWhat you can analyse
Un mismo motor de verosimilitud sirve para cuatro y para veinte estados, así que el ADN, las proteínas, los codones y la morfología viajan por el mismo camino y pueden combinarse en un análisis por particiones.One likelihood engine serves four states and twenty, so DNA, proteins, codons and morphology travel the same road and can be combined in a partitioned analysis.
Cada marcador cuenta su propia historiaEach marker tells its own story
El cloroplasto y la mitocondria se heredan por un solo progenitor y no recombinan; el núcleo se hereda por los dos y sí recombina. Son historias distintas, y forzarlas a una sola concatenación esconde justo lo que más dice de la evolución de un grupo. PhylogenyPro te pide el genoma de cada partición y lo respeta de principio a fin.The chloroplast and the mitochondrion are inherited from one parent and do not recombine; the nucleus comes from both and does recombine. They are different histories, and forcing them into a single concatenation hides exactly what says the most about the evolution of a group. PhylogenyPro asks for the genome of each partition and honours it from beginning to end.
Galería de métodosMethod gallery
Todo lo que la app va a calcular, agrupado por familia. Filtra para ver una sola.Everything the app will compute, grouped by family. Filter to see just one.
Los cuatro criterios, comparados sin rodeosThe four criteria, compared plainly
No hay un método que gane siempre. Esto es lo que cada uno hace, lo que supone y dónde se rompe.No method wins every time. This is what each one does, what it assumes and where it breaks.
Hasta dónde llega (y hasta dónde no)How far it goes (and how far it does not)
Estos límites se midieron en una computadora de escritorio común, no son una promesa de folleto. La app estima el tiempo antes de lanzar cualquier análisis largo, muestra el avance y se puede cancelar.These limits were measured on an ordinary desktop computer; they are not a brochure promise. The app estimates the time before launching any long analysis, shows the progress and can be cancelled.
Para filogenómica de cientos de taxones y millones de sitios, sigue usando IQ-TREE o RAxML en un clúster: esta app no compite ahí y no pretende hacerlo.For phylogenomics with hundreds of taxa and millions of sites, keep using IQ-TREE or RAxML on a cluster: this app does not compete there and does not pretend to.
Lo que reúne en un solo lugarWhat it brings together
La teoría, en cortoThe theory, in short
Lo necesario para entender lo que hace cada bloque y para defender los resultados ante un revisor. Sin fórmulas de más, pero sin bajarle al rigor.What you need to understand each block and to defend the results in front of a reviewer. No extra formulas, but no less rigour either.
1 · Qué es un árbol filogenético (y qué no es)1 · What a phylogenetic tree is (and what it is not)conceptosconcepts
Un árbol filogenético es una hipótesis sobre el orden en que se separaron unos linajes. Las puntas son las unidades que muestreaste; los nodos internos son ancestros que nunca viste; las ramas miden cambio (sustituciones por sitio) o tiempo, según el análisis; un clado es un ancestro con toda su descendencia.A phylogenetic tree is a hypothesis about the order in which some lineages separated. The tips are the units you sampled; the internal nodes are ancestors you never saw; the branches measure change (substitutions per site) or time, depending on the analysis; a clade is an ancestor with all of its descendants.
Tres precisiones que ahorran discusiones:Three points that save a lot of argument:
- Un árbol sin raíz no dice quién es ancestro de quién. La mayoría de los métodos producen árboles no enraizados; la raíz se pone después, con un grupo externo o con un reloj.An unrooted tree says nothing about who descends from whom. Most methods produce unrooted trees; the root is added afterwards, with an outgroup or with a clock.
- El árbol de un gen no es el árbol de las especies. Coalescencia incompleta, hibridación y duplicaciones hacen que difieran, y ese desacuerdo es información, no un error.A gene tree is not the species tree. Incomplete lineage sorting, hybridisation and duplication make them differ, and that disagreement is information, not a mistake.
- Girar una rama no cambia el árbol. Dos figuras que se ven distintas pueden ser el mismo árbol; lo que importa son los grupos, no el orden en que se dibujaron.Rotating a branch does not change the tree. Two figures that look different can be the same tree; what matters are the groups, not the order they were drawn in.
2 · El alineamiento es una hipótesis de homología2 · The alignment is a hypothesis of homologyBloque 2Block 2
Alinear es afirmar que la columna 137 de una secuencia y la 137 de otra descienden del mismo sitio ancestral. Todo lo que viene después —modelos, árboles, fechas— se apoya en esa afirmación. Un alineamiento malo no se arregla con un método de inferencia bueno.Aligning means claiming that column 137 of one sequence and column 137 of another descend from the same ancestral site. Everything that follows — models, trees, dates — rests on that claim. A bad alignment is not fixed by a good inference method.
- Las regiones codificantes se alinean por codón: un hueco de uno o dos nucleótidos casi siempre es un error de alineamiento, no una indel real.Coding regions are aligned by codon: a gap of one or two nucleotides is almost always an alignment error, not a real indel.
- Los espaciadores no codificantes (trnL-F, trnH-psbA, ITS) tienen indeles largas y repeticiones; ahí las columnas ambiguas se recortan o se recodifican, y conviene decir en el artículo cómo se hizo.Non-coding spacers (trnL-F, trnH-psbA, ITS) have long indels and repeats; there the ambiguous columns are trimmed or recoded, and the paper should say how.
- Recortar de más también cuesta: se pierden justo los sitios que separan especies cercanas. Por eso el Bloque 2 muestra qué columnas se quitarían antes de quitarlas.Over-trimming has a cost too: it removes exactly the sites that separate close species. That is why Block 2 shows which columns would be removed before removing them.
3 · Los cambios que no se ven: modelos de sustitución3 · The changes you cannot see: substitution modelsBloque 3Block 3
Si un sitio cambió de A a G y después de G a T, solo cuentas una diferencia. Cuanto más tiempo pasa, más cambios se esconden, hasta que dos secuencias no se parecen más que dos al azar: el 75% de diferencias en ADN. Ese techo es la saturación.If a site changed from A to G and then from G to T, you count only one difference. The more time passes, the more changes hide, until two sequences are no more similar than two random ones: 75% differences in DNA. That ceiling is saturation.
Un modelo de sustitución es la receta para estimar los cambios ocultos. Va de lo más simple a lo más general:A substitution model is the recipe for estimating the hidden changes. It goes from the simplest to the most general:
El modelo no se elige por costumbre sino por ajuste: AIC, AICc y BIC comparan qué tanto mejora la verosimilitud contra cuántos parámetros cuesta. Y +Γ casi siempre importa más que pasar de HKY a GTR: ignorar la variación de tasas entre sitios sesga las longitudes de rama y, con ellas, las fechas.The model is not chosen out of habit but by fit: AIC, AICc and BIC weigh how much the likelihood improves against how many parameters it costs. And +Γ almost always matters more than moving from HKY to GTR: ignoring rate variation among sites biases branch lengths and, with them, the dates.
4 · Parsimonia, verosimilitud y bayes: en qué se diferencian de verdad4 · Parsimony, likelihood and Bayes: how they really differBloques 4–6Blocks 4–6
Parsimonia busca el árbol que necesita menos cambios. Es transparente y no supone casi nada… y ese es su problema: cuando dos linajes acumulan muchos cambios por separado, terminan coincidiendo por azar y la parsimonia los junta. Felsenstein (1978) demostró que en esa situación añadir más datos empeora el resultado: es inconsistente. El primer laboratorio de esta página lo reproduce con números exactos.Parsimony looks for the tree that needs the fewest changes. It is transparent and assumes almost nothing… and that is its problem: when two lineages pile up changes independently, they end up matching by chance and parsimony joins them. Felsenstein (1978) proved that in that situation adding more data makes things worse: it is inconsistent. The first lab on this page reproduces it with exact numbers.
Máxima verosimilitud pregunta qué tan probables serían los datos bajo cada árbol y cada modelo, y se queda con el mejor. Al contar los cambios invisibles resiste las ramas largas, siempre que el modelo sea razonable. Es el criterio con el que se publica hoy la mayoría de las filogenias.Maximum likelihood asks how probable the data would be under each tree and model, and keeps the best. Because it counts the invisible changes it resists long branches, as long as the model is reasonable. It is the criterion most published phylogenies use today.
La inferencia bayesiana invierte la pregunta: en vez de "qué árbol hace más probables los datos", da "qué tan probable es cada árbol dados los datos". A cambio hay que declarar distribuciones previas y hay que convencerse de que la cadena convergió. Su ventaja práctica es que la incertidumbre sale con el resultado, no después, y que permite fechar y modelar cosas que la verosimilitud clásica no alcanza.Bayesian inference turns the question around: instead of "which tree makes the data most probable", it gives "how probable each tree is given the data". In exchange you must declare priors and must convince yourself the chain converged. Its practical advantage is that uncertainty comes out with the result, not afterwards, and that it can date and model things classical likelihood cannot reach.
5 · Qué significa realmente un valor de soporte5 · What a support value actually meansBloques 4–6Blocks 4–6
El bootstrap vuelve a muestrear las columnas del alineamiento con reemplazo y rehace el árbol muchas veces. Un 95% no quiere decir "95% de probabilidad de que el clado sea verdadero": quiere decir que el clado aparece en el 95% de las réplicas, es decir, que los datos que tienes lo sostienen de forma estable. Si el modelo está mal, el bootstrap puede ser alto y el clado falso.The bootstrap resamples the alignment columns with replacement and rebuilds the tree many times. A 95% does not mean "95% probability that the clade is true": it means the clade appears in 95% of the replicates, that is, that the data you have support it stably. If the model is wrong, the bootstrap can be high and the clade false.
La probabilidad posterior sí es una probabilidad, pero condicionada al modelo y a las previas, y es conocido que suele ser más alta que el bootstrap para el mismo clado. No son intercambiables: repórtalos por separado, no promediados.The posterior probability is a probability, but conditional on the model and the priors, and it is well known to run higher than the bootstrap for the same clade. They are not interchangeable: report them side by side, never averaged.
Convenciones útiles, no reglas sagradas: bootstrap ≥ 70% se considera moderado y ≥ 90% fuerte; el bootstrap ultrarrápido se lee distinto (≥ 95%); la probabilidad posterior, ≥ 0.95. Una rama sin soporte no es un error del programa: es una politomía que tus datos no pudieron resolver, y decirlo así es más honesto que dibujarla resuelta.Useful conventions, not sacred rules: a bootstrap ≥ 70% counts as moderate and ≥ 90% as strong; the ultrafast bootstrap reads differently (≥ 95%); posterior probabilities, ≥ 0.95. A branch without support is not a bug: it is a polytomy your data could not resolve, and saying so is more honest than drawing it resolved.
6 · El reloj molecular y las calibraciones6 · The molecular clock and calibrationsBloque 7Block 7
Si las sustituciones se acumularan a tasa constante, la longitud de una rama sería tiempo. Casi nunca es así: cada linaje tiene su propio ritmo. Por eso primero se pone a prueba el reloj y, si no se cumple, se usa un reloj relajado, donde cada rama toma su tasa de una distribución.If substitutions accumulated at a constant rate, branch length would be time. They almost never do: each lineage has its own pace. So the clock is tested first and, when it fails, a relaxed clock is used, where each branch draws its rate from a distribution.
Las fechas no salen de las secuencias: salen de las calibraciones. Un fósil asignado a un clado dice "este nodo tiene al menos esta edad", nunca "tiene exactamente esta edad"; por eso se traduce a una distribución (uniforme con tope, exponencial desplazada, lognormal) y no a un número. Las otras fuentes son eventos geológicos fechados, tasas publicadas para el mismo marcador y edades secundarias tomadas de otro estudio —estas últimas, con la advertencia de que arrastran su propia incertidumbre.Dates do not come from the sequences: they come from the calibrations. A fossil assigned to a clade says "this node is at least this old", never "it is exactly this old"; that is why it becomes a distribution (uniform with a cap, offset exponential, lognormal) and not a number. The other sources are dated geological events, published rates for the same marker and secondary ages taken from another study — the last of these carrying their own uncertainty with them.
Regla práctica: el intervalo de credibilidad importa más que la media. Una edad de 12.4 millones de años con un intervalo de 4 a 28 no es un dato, es una advertencia.A practical rule: the credibility interval matters more than the mean. An age of 12.4 million years with an interval from 4 to 28 is not a result, it is a warning.
7 · Cloroplasto, mitocondria y núcleo: tres historias en el mismo organismo7 · Chloroplast, mitochondrion and nucleus: three histories in one organismBloques 2, 5 y 11Blocks 2, 5 and 11
En la mayoría de las angiospermas el cloroplasto se hereda por vía materna y no recombina: todo su genoma cuenta una sola historia, la de la línea materna. En muchas coníferas la herencia del cloroplasto es paterna. La mitocondria de plantas también es uniparental y evoluciona muy despacio. El núcleo, en cambio, viene de los dos progenitores y recombina: cada gen nuclear puede tener su propia genealogía.In most angiosperms the chloroplast is maternally inherited and does not recombine: its whole genome tells one story, that of the maternal line. In many conifers chloroplast inheritance is paternal. The plant mitochondrion is also uniparental and evolves very slowly. The nucleus, in contrast, comes from both parents and recombines: every nuclear gene can have its own genealogy.
Consecuencias prácticas:Practical consequences:
- Concatenar cloroplasto con ITS y sacar un solo árbol promedia dos historias que quizá no son la misma. Vale la pena hacer los dos árboles y compararlos.Concatenating chloroplast with ITS into one tree averages two histories that may not be the same. It is worth building both trees and comparing them.
- Cuando difieren, el conflicto tiene nombre: captura de cloroplasto (una especie lleva el cloroplasto de otra por hibridación antigua), introgresión, retención de polimorfismo ancestral o simple falta de señal. El Bloque 11 ayuda a distinguirlos.When they differ, the conflict has names: chloroplast capture (a species carries another's chloroplast after ancient hybridisation), introgression, incomplete lineage sorting, or simply a lack of signal. Block 11 helps tell them apart.
- El ITS tiene copias dentro del mismo genoma; si la evolución concertada no las homogeneizó, estás alineando parálogos. Revisa las dobles señales antes de confiar en él.ITS has copies within the same genome; if concerted evolution has not homogenised them, you are aligning paralogues. Check for double signals before trusting it.
8 · Áreas ancestrales: cómo se reconstruye una historia biogeográfica8 · Ancestral areas: how a biogeographic history is reconstructedBloque 10Block 10
Con un árbol fechado y la distribución actual de cada especie se puede estimar dónde estuvieron sus ancestros. El modelo DEC trata la distribución como un estado que cambia por dispersión (ganar un área, tasa d) y extinción local (perderla, tasa e), y reparte el rango entre las dos ramas hijas en cada nodo. DIVALIKE y BAYAREALIKE reparten de otra manera, y la variante +J añade la especiación fundadora: un propágulo cruza el mar y funda una especie nueva en una isla.With a dated tree and the present-day distribution of each species you can estimate where their ancestors were. The DEC model treats the distribution as a state that changes by dispersal (gaining an area, rate d) and local extinction (losing it, rate e), and splits the range between the two daughter branches at each node. DIVALIKE and BAYAREALIKE split it differently, and the +J variant adds founder-event speciation: a propagule crosses the sea and founds a new species on an island.
Lo que más cambia el resultado no es el modelo sino cómo definiste las áreas y qué restricciones de conexión pusiste en cada intervalo de tiempo. Eso se decide con criterio biogeográfico, y hay que declararlo en el artículo.What changes the result most is not the model but how you defined the areas and which connections you allowed in each time slice. That is a biogeographic judgement, and it must be stated in the paper.
9 · Los ocho errores que más se ven en un manuscrito9 · The eight mistakes that show up most in a manuscriptprácticapractice
- Un grupo externo demasiado lejano. Enraiza mal y arrastra el resto del árbol. Mejor varios grupos externos cercanos que uno remoto.An outgroup that is too distant. It roots badly and drags the rest of the tree with it. Several close outgroups beat one remote one.
- Confundir soporte con verdad. Un bootstrap alto sobre un modelo mal elegido sigue siendo un resultado mal elegido.Mistaking support for truth. A high bootstrap under a badly chosen model is still a badly chosen result.
- Reportar una fecha sin su intervalo. El intervalo es el resultado; la media es un resumen.Reporting a date without its interval. The interval is the result; the mean is a summary.
- Concatenarlo todo sin mirar el conflicto. Si el cloroplasto y el núcleo discrepan, eso es un hallazgo, no un estorbo.Concatenating everything without looking at the conflict. If chloroplast and nucleus disagree, that is a finding, not a nuisance.
- Usar un marcador saturado. Revisa la gráfica de transiciones antes de inferir nada profundo con ITS o con la tercera posición del codón.Using a saturated marker. Check the transition plot before inferring anything deep from ITS or from third codon positions.
- Dar por convergida una cadena bayesiana porque "ya corrió mucho". Mira el ESS y el ASDSF entre corridas independientes.Assuming a Bayesian chain converged because "it ran for a long time". Look at the ESS and at the ASDSF between independent runs.
- Dibujar politomías como si estuvieran resueltas. Colapsa las ramas sin soporte: dicen algo real.Drawing polytomies as if they were resolved. Collapse the unsupported branches: they are telling you something real.
- No dejar reproducir el análisis. Alineamiento, modelo, particiones, versiones y semillas: el informe del Bloque 12 los guarda por ti.Leaving the analysis irreproducible. Alignment, model, partitions, versions and seeds: the Block 12 report keeps them for you.
Cómo citarHow to cite
Cita además los métodos que hayas usado: el informe del Bloque 12 arma esa lista sola, con la referencia de cada procedimiento y los ajustes reales de tu corrida. Ese DOI es el de concepto: lleva siempre a la versión más reciente. Para citar exactamente la versión que usaste, toma su propio DOI del registro en Zenodo.Cite the methods you used as well: the Block 12 report builds that list for you, with the reference of each procedure and the actual settings of your run. That DOI is the concept DOI: it always resolves to the most recent version. To cite exactly the version you used, take its own DOI from the Zenodo record.
ReferenciasReferences
Las fuentes de los métodos que la app implementa o va a implementar.The sources of the methods the app implements or is going to implement.
Datos y alineamientoData and alignment
Lee tus secuencias, alinéalas, revísalas a mano y arma el mapa de particiones.Read your sequences, align them, check them by hand and build the partition map.
1 · Cargar los datos1 · Load the data
Cada archivo entra como una partición: un gen, una región o una matriz. Puedes cargar varios a la vez.Each file comes in as one partition: a gene, a region or a matrix. You can load several at once.
Arrastra aquí tus archivosDrop your files here
FASTA · PHYLIP · NEXUS · Clustal · MEGA · GenBank · hoja de cálculo (.csv, .tsv) para matrices morfológicasFASTA · PHYLIP · NEXUS · Clustal · MEGA · GenBank · spreadsheet (.csv, .tsv) for morphological matrices
O empieza con un ejemploOr start with an example
Datos simulados sobre un árbol conocido, para que puedas comparar lo que estimes con la respuesta verdadera. Los nombres de las especies son reales; las secuencias, no.Data simulated on a known tree, so you can compare what you estimate with the true answer. The species names are real; the sequences are not.
Modelos de sustituciónSubstitution models
Mira si tus datos cumplen los supuestos y elige el modelo por ajuste, no por costumbre.See whether your data meet the assumptions, and choose the model by fit, not by habit.
Parsimonia y distanciasParsimony and distances
Los árboles rápidos: los que se calculan en segundos y sirven de punto de partida y de contraste.The quick trees: the ones that take seconds, and serve as a starting point and as a contrast.
Máxima verosimilitudMaximum likelihood
El árbol que hace más probables los datos observados bajo un modelo explícito, y cuánto de él sostienen realmente los datos.The tree that makes the observed data most probable under an explicit model, and how much of it the data really support.
Inferencia bayesianaBayesian inference
No «el mejor árbol», sino la probabilidad de cada árbol dados los datos y lo que se supuso antes de verlos.Not "the best tree", but the probability of every tree given the data and what was assumed before seeing them.
Reloj molecular y tiemposMolecular clock and dating
Un filograma mide cambio; un cronograma mide tiempo. Pasar de uno al otro necesita una raíz, un modelo de cómo varía la velocidad, y al menos una calibración.A phylogram measures change; a chronogram measures time. Getting from one to the other needs a root, a model of how the rate varies, and at least one calibration.
DiversificaciónDiversification
Un cronograma no solo dice cuándo: la forma de sus tiempos de ramificación dice a qué ritmo han ido apareciendo y desapareciendo linajes, y si ese ritmo cambió.A chronogram says more than when: the shape of its branching times says how fast lineages have been appearing and disappearing, and whether that changed.
Evolución de caracteresTrait evolution
Dos especies hermanas no son dos observaciones independientes: comparten casi toda su historia. Todo lo de este bloque existe para que esa historia compartida no se confunda con evidencia.Two sister species are not two independent observations: they share almost all of their history. Everything in this block exists so that shared history is not mistaken for evidence.
Biogeografía históricaHistorical biogeography
Un rango geográfico también es un carácter, pero con una diferencia: cuando un linaje se divide, el rango se reparte entre las dos hijas, y cómo se reparte es justamente lo que separa a unos modelos de otros.A geographic range is a character too, with one difference: when a lineage splits, the range is divided between the two daughters, and how it is divided is exactly what separates one model from another.
Comparar árbolesComparing trees
Cada bloque anterior produce un árbol. Este pregunta qué hacer cuando dos de ellos no son el mismo, que con datos reales es siempre.Every earlier block produces a tree. This one asks what to do when two of them are not the same, which with real data is always.
Figuras e informeFigures and report
Un resultado que no puede salir del programa no es un resultado. Aquí se arma la figura, se escriben los métodos con los números de la corrida y se empaqueta todo para que otra persona pueda repetirlo.A result that cannot leave the program is not a result. Here the figure is built, the methods are written with the numbers of the run, and everything is packed so that somebody else can repeat it.
2b · Estudio de figuras2b · Figure studio
Lo que se cambie aquí vale para todas las figuras de los doce bloques, no solo para el árbol: los colores, la letra, el grosor del trazo y el fondo. Y lo que veas es lo que llevará el PNG o el TIFF que exportes, porque el color se escribe dentro del archivo antes de que salga de la página.What you change here applies to every figure in the twelve blocks, not only to the tree: the colours, the type, the stroke width and the background. And what you see is what the exported PNG or TIFF will carry, because the colour is written into the file before it leaves the page.
Son los que usan los grupos del árbol, las series de las curvas, los estados de un carácter y las áreas de biogeografía, en este orden. Cambia el que quieras; el resto sigue la paleta.These are what the tree groups, the curve series, the states of a character and the biogeographic areas use, in this order. Change whichever you like; the rest follow the palette.